Предложена концепция нового подхода к экологической оценке в системе интегрированного управления ресурсно-экологической безопасности прибрежной зоны Чёрного моря. Проведено исследование сезонных изменений вертикальной структуры интенсивности поля биолюминесценции (ПБ) в прибрежных водах г. Севастополя. Получены существенные отличия сезонных изменений интенсивности ПБ в поверхностном и глубинном слоях открытой акватории и объяснены причины, обусловливающие это явление. Максимальная интенсивность ПБ в поверхностном слое прибрежных вод Севастополя зарегистрирована в осенний период (сентябрь-октябрь), в глубинном слое открытой акватории моря на глубинах, расположенных ниже слоя термоклина. Интенсивность ПБ в придонном слое Севастопольской бухты в этот период примерно на один - два порядка ниже, чем в открытой акватории. Сезонные изменения интенсивности ПБ в поверхностном слое разных районов внутри мелководной Севастопольской бухты характеризуются достаточно высокой корреляционной связью (r = 0,83), тогда как корреляция сезонной вариабельности биолюминесценции в поверхностном слое открытой и закрытой акваторий прибрежья Севастополя имеет средние значения (r = 0,56 - 0,63). Обосновывается вывод об определяющем влиянии термохалинных параметров пелагиали на отмеченные отличия сезонных изменений интенсивности ПБ в поверхностном и глубоководном слоях неритической зоны. Исследовано изменение вертикального профиля интенсивности ПБ в ночное время в прибрежных водах Чёрного моря. Показано, что по характеру динамики биолюминесценции толщу воды можно разбить на два слоя: верхний (0 - 35 м) и заглубленный (36 - 60). Отмечены особенности изменения интенсивности ПБ в этих слоях. Определены спектральные составляющие вариабельности ПБ, вносящие основной вклад в изменения его интенсивности в тёмное время суток. Показано, что 14-часовая периодичность колебаний свечения связана с изменением астрономической освещённости, а колебания с периодами от 2,5 до 4,5 часа обусловлены эндогенными суточными ритмами биолюминесцентов. Выявлено, что светящиеся организмы находятся в пространстве влияния нескольких биотических и абиотических факторов. Показано, что наибольшее влияние на периодичность нарастания и убывания интенсивности ПБ в тёмное время суток оказывают биотические факторы.