Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ И ХИМИИ 2499-9962 54013 МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА И ФИЗИКА БИОМОЛЕКУЛ MOLECULAR BIOPHYSICS AND PHYSICS OF BIOMOLECULES МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА И ФИЗИКА БИОМОЛЕКУЛ THE TRAJECTORY OF MOTION OF THE KINK IN THE GENE CODING INTERFERON ALPHA 17 (IFNA 17) ТРАЕКТОРИЯ ДВИЖЕНИЯ КИНКА В ГЕНЕ, КОДИРУЮЩЕМ ИНТЕРФЕРОН ALPHA 17 (IFNA17) Якушевич Л В Yakushevich L V yakushev@icb.psn.ru Краснобаева Л. А. Krasnobaeva L. A. kla1983@mail.ru Институт биофизики клетки РАН ru Institute of Cell Biophysics, Russian Academy of Sciences ru Сибирский государственный медицинский университет Томск Россия Siberian State Medical University Tomsk Russian Federation Национальный исследовательский Томский государственный университет Томск Россия National Research Tomsk State University Tomsk Russian Federation 25 06 2016 25 06 2016 1 1 136 140 20 06 2016 20 06 2016 https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54013/view

В наших предыдущих работах для моделирования динамики угловых колебаний оснований гена, кодирующего интерферон alpha 17 (IFNA17), мы применяли квазиоднородное приближение, в рамках которого параметры математической модели усреднялись по всей длине последовательности гена. В настоящей работе учитывается неоднородный характер последовательности гена, которая состоит из трех участков: кодирующей области (50..619) и двух областей (1..49 и 620..980), функциональная значимость которых неизвестна. Мы используем приближение, в котором параметры математической модели усредняются не по всей последовательности, а отдельно по каждому из трех участков. Это позволило рассчитать энергетический профиль гена и построить траекторию движения кинка ДНК в потенциале с таким профилем.

In our previous works, to model the dynamics of angular oscillations of the bases of the gene coding interferon alpha 17 (IFNA17), we used a quasi-homogeneous approach where parameters of the mathematical model were averaged over all length of the gene sequence. In this paper, we take into account the inhomogeneous character of the gene sequence which consists of three regions: the coding region (50..619) and the two regions (1..49 and 620..980) with unknown functional significance. We use the approach in which the parameters of the mathematical model are averaged separately over each of the three regions. This gave us a possibility to calculate the energy profile of the gene and to build the trajectory of DNA kink in the potential with the profile.

 интерферон энергетический профиль гена траектория движения кинка ДНК interferon gene energy profile trajectory of the DNA kink motion

Dubois A., Francois C., Descamps V., Fournier C., Wychowski C., Dubuisson J., Castelain S. Enhanced anti- HCV activity of interferon alpha 17 subtype. Virology Journal, 2009, vol. 6, p. 70. Dubois A., Francois C., Descamps V., Fournier C., Wychowski C., Dubuisson J., Castelain S. Enhanced anti- HCV activity of interferon alpha 17 subtype. Virology Journal, 2009, vol. 6, p. 70. Бычков В.А., Рязанцева Н.В., Новицкий В.В. Анализ совместного влияния полиморфизмов генов системы интерферона OAS1, OAS2, IFNA17 и IFNG на предрасположенность к хроническому вирусному гепатиту C. Бюлл. сибирской медицины, 2011, № 3, с. 19-23. [Bychkov V.A., Ryazantseva N.V., Novitsky V.V. Analysis of the combined effect of polymorphisms interferon genes OAS1, OAS3, PKR, IFNA17 and IFNG in susceptibility to chronic viral hepatitis C. Bull. of Siberian medicine, 2011, no. 3, pp. 19-23. (In Russ.)] Bychkov V.A., Ryazanceva N.V., Novickiy V.V. Analiz sovmestnogo vliyaniya polimorfizmov genov sistemy interferona OAS1, OAS2, IFNA17 i IFNG na predraspolozhennost' k hronicheskomu virusnomu gepatitu C. Byull. sibirskoy mediciny, 2011, № 3, s. 19-23. [Bychkov V.A., Ryazantseva N.V., Novitsky V.V. Analysis of the combined effect of polymorphisms interferon genes OAS1, OAS3, PKR, IFNA17 and IFNG in susceptibility to chronic viral hepatitis C. Bull. of Siberian medicine, 2011, no. 3, pp. 19-23. (In Russ.)] Krasnobaeva L.A., Yakushevich L.V. Rotational dynamics of bases in the gene coding interferon alpha 17 (IFNA17). Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, vol. 13, pp. 1540002 (13 pages). Krasnobaeva L.A., Yakushevich L.V. Rotational dynamics of bases in the gene coding interferon alpha 17 (IFNA17). Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, vol. 13, pp. 1540002 (13 pages). Якушевич Л.В., Краснобаева Л.В. Вынужденные колебания оснований ДНК. Биофизика, 2016, т. 61, № 2, c. 286-296. [Yakushevich L.V., Krasnobaeva L.A. Forced Oscillations of DNA bases. Biophysics, 2016, vol. 61, no. 2, pp. 286-296. (In Russ.)] Yakushevich L.V., Krasnobaeva L.V. Vynuzhdennye kolebaniya osnovaniy DNK. Biofizika, 2016, t. 61, № 2, c. 286-296. [Yakushevich L.V., Krasnobaeva L.A. Forced Oscillations of DNA bases. Biophysics, 2016, vol. 61, no. 2, pp. 286-296. (In Russ.)]