Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ И ХИМИИ 2499-9962 54014 МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА И ФИЗИКА БИОМОЛЕКУЛ MOLECULAR BIOPHYSICS AND PHYSICS OF BIOMOLECULES МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА И ФИЗИКА БИОМОЛЕКУЛ SPATIAL STRUCTURE OF ANALOGUE [VAL5] OF OCTARPHIN MOLECULE ПРОСТРАНСТВЕННАЯ СТРУКТУРА АНАЛОГА [VAL5] МОЛЕКУЛЫ ОКТАРФИНА Ахмедов Н А Akhmedov N A Namig.49@bk.ru Аббаслы Р. М. Abbasli R. M. Исмаилова Л. И. Ismailova L. I. lara.ismailova.52@mail.ru Ахмедова С Р Akhmedova S R Бакинский государственный университет, Институт физических проблем ru Baku State University, Institute for Physical Problems ru Бакинский государственный университет Баку Азербайджан Baku State University Baku Azerbaijan Бакинский государственный университет Баку Азербайджан Baku State University Baku Azerbaijan Бакинский государственный университет, Институт физических проблем ru Baku State University, Institute for Physical Problems ru 25 06 2016 25 06 2016 1 1 140 143 20 06 2016 20 06 2016 https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54014/view

Методом теоретического конформационного анализа исследована пространственная структура аналога [Val5] молекулы октарфина. Аминокислотная последовательность октарфина Thr1-Pro2-Leu3-Val4-Thr5- Leu6-Phe7-Lys8-NH2 соответствует фрагменту 12-19 b -эндорфина. Установлено, что октарфин связывается с макрофагами с высокой аффильностью и специфичностью. Расчет молекулы выполнен с помощью метода теоретического конформационного анализа. Потенциальная функция системы выбрана в виде суммы невалентных, электростатических и торсионных взаимодействий и энергии водородных связей. Пространственная структура молекулы Thr1-Pro2-Leu3-Val4-Val5-Leu6-Phe7-Lys8-NH2 рассчитана на основе низкоэнергетических конформаций молекулы октарфина. Показано, что пространственная структура аналога [Val5] молекулы октарфина может быть представлена 13-ю низкоэнергетическими формами основной цепи. Найдены низкоэнергетические конформации молекулы, значения двугранных углов основных и боковых цепей аминокислотных остатков, оценена энергия внутри- и межостаточных взаимодействий.

The spatial structure of analogue [Val5] of octarphin molecule has been investigated using theoretical conformational analysis method. Amino acid sequence Thr1-Pro2-Leu3-Val4-Thr5-Leu6-Phe7-Lys8-NH2 of octarphin conforms to the fragment 12-19 of β-endorphin. It is established that octarphin is related to macrophages of high affinity and specificity. Spatial structure of octarphin molecule Thr1-Pro2-Leu3-Val4-Thr5-Leu6-Phe7-Lys8-NH2 has been investigated by method of theoretical conformational analysis. Calculations of conformational states of octarphin molecule are carried out regarding nonvalent, electrostatic and torsional interactions, hydrogen bonds as well. The spatial structure of the molecule Thr1-Pro2-Leu3-Val4-Val5-Leu6-Phe7-Lys8-NH2 was estimated on the low-energy conformations of this molecule. It is shown that the spatial structure of the octarphin molecule can be presented by 13 low-energy forms of the main chain. The low-energy conformations of this molecule, the values of dihedral angles of the backbone and side chains of the amino acid residues were founded and the energies of intra- and inter-residual interactions were determined.

 октарфин аналог теоретический конформационный анализ пространственная структура конформация octarphin analogue theoretical conformational analysis spatial structure conformation

Некрасова Ю.Н., Садовников В.Б., Золотарев Ю.А., Наволоцкая Е.В. Свойства и механизм действия синтетического пептида октарфина. Биоорганическая химия, 2010, т. 36, № 5, c. 638-645. [Nekhasova Yu.N., Sadovnikov V.B., Zolotarev Yu.A., Navolotskaya E.V. The properties and mechanism of action of the octarphin peptide. Journal of Bioorganic Chemistry, 2010, vol. 36, no. 5, pp. 638-645. (In Russ.)] Nekrasova Yu.N., Sadovnikov V.B., Zolotarev Yu.A., Navolockaya E.V. Svoystva i mehanizm deystviya sinteticheskogo peptida oktarfina. Bioorganicheskaya himiya, 2010, t. 36, № 5, c. 638-645. [Nekhasova Yu.N., Sadovnikov V.B., Zolotarev Yu.A., Navolotskaya E.V. The properties and mechanism of action of the octarphin peptide. Journal of Bioorganic Chemistry, 2010, vol. 36, no. 5, pp. 638-645. (In Russ.)] Новолоцкая Е.В. Международная конференция по биоорганической химии, биотехнологии и бионанотехнологии. М., 2014, 38 c. [Navolotskaya E.V. Octarphin - nonopioid peptid of the opioid orgin. International conference on bioorganic chemistry, biotechnology and bionanotechnology, 2014, 35 p. (In Russ.)] Novolockaya E.V. Mezhdunarodnaya konferenciya po bioorganicheskoy himii, biotehnologii i bionanotehnologii. M., 2014, 38 c. [Navolotskaya E.V. Octarphin - nonopioid peptid of the opioid orgin. International conference on bioorganic chemistry, biotechnology and bionanotechnology, 2014, 35 p. (In Russ.)] IUPAC-IUB, Quantiby, Units and Symbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications, 1988, vol. 39, no. 5. IUPAC-IUB, Quantiby, Units and Symbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications, 1988, vol. 39, no. 5. Akhmedov N.A., Tagiyev Z.H., Hasanov E.M., Akverdieva G.A. Theoretical conformational analisis of the bovine adrenal medulla 12 residue peptide molecule. J. Molecular Structure, 2003, vol. 646, pp. 75-80. Akhmedov N.A., Tagiyev Z.H., Hasanov E.M., Akverdieva G.A. Theoretical conformational analisis of the bovine adrenal medulla 12 residue peptide molecule. J. Molecular Structure, 2003, vol. 646, pp. 75-80. Akhmedov N.A., Ismailova L.I., Agayeva L.N., Gocayev N.M. The spatial structure of the cardio active peptides. Peptid and Protein Research, 2010, vol. 11, pp. 87-93. Akhmedov N.A., Ismailova L.I., Agayeva L.N., Gocayev N.M. The spatial structure of the cardio active peptides. Peptid and Protein Research, 2010, vol. 11, pp. 87-93. Гаджиева Ш.Н., Ахмедов Н.А., Масимов Э.А., Годжаев Н.М. Пространственная структура молекулы Thr- Pro-Ala-Glu-Asp-Phe-Met-Arg-Phe-NH2. Биофизика, 2013, т. 58, вып. 4, c. 587-590. [Gadjieva Sh.N., Akhmedov N.A., Masimov E.A., Godjaev N.M. Spatial Structure of Thr-Pro-Ala-Glu-Asp-Phe-Met-Arg-Phe-NH2. Biophysics, 2013, vol. 58, pp. 587-590. (In Russ.)] Gadzhieva Sh.N., Ahmedov N.A., Masimov E.A., Godzhaev N.M. Prostranstvennaya struktura molekuly Thr- Pro-Ala-Glu-Asp-Phe-Met-Arg-Phe-NH2. Biofizika, 2013, t. 58, vyp. 4, c. 587-590. [Gadjieva Sh.N., Akhmedov N.A., Masimov E.A., Godjaev N.M. Spatial Structure of Thr-Pro-Ala-Glu-Asp-Phe-Met-Arg-Phe-NH2. Biophysics, 2013, vol. 58, pp. 587-590. (In Russ.)]