На классической основе, при помощи полуэмпирического метода атом-атомных потенциалов, выполнен априорный конформационный анализ молекулы бактенецина. Конформационный анализ был проведен на основе аминокислотной последовательности и стандартной валентной структуры аминокислот, используя фрагментарный подход для расчета оптимальных пространственных структур олигопептидов и белков. Проведенный конформационный анализ перекрывающихся четырех гексапептидных фрагментов и всей молекулы бактенецина показал, что низкоэнергетичность конформаций достигается за счет согласованных стабилизирующих невалентных взаимодействий между всеми остатками. Низкоэнергетические состояния линейной последовательности бактенецина можно сгруппировать в нескольких формах основной цепи, в которых остатки Cys 3 и Cys 11 расположены недалеко друг от друга и их боковые цепи имеют необходимую для образования дисульфидной связи взаимную ориентацию.