<!DOCTYPE article
PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.4 20190208//EN"
       "JATS-journalpublishing1.dtd">
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" article-type="research-article" dtd-version="1.4" xml:lang="en">
 <front>
  <journal-meta>
   <journal-id journal-id-type="publisher-id">Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty</journal-id>
   <journal-title-group>
    <journal-title xml:lang="en">Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty</journal-title>
    <trans-title-group xml:lang="ru">
     <trans-title>АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ И ХИМИИ</trans-title>
    </trans-title-group>
   </journal-title-group>
   <issn publication-format="print">2499-9962</issn>
  </journal-meta>
  <article-meta>
   <article-id pub-id-type="publisher-id">54166</article-id>
   <article-categories>
    <subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru">
     <subject>МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА И ФИЗИКА БИОМОЛЕКУЛ</subject>
    </subj-group>
    <subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en">
     <subject>MOLECULAR BIOPHYSICS AND PHYSICS OF BIOMOLECULES</subject>
    </subj-group>
    <subj-group>
     <subject>МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА И ФИЗИКА БИОМОЛЕКУЛ</subject>
    </subj-group>
   </article-categories>
   <title-group>
    <article-title xml:lang="en">Influence chaperone Skp on aggregation of porin OmpF Yersinia pseudotuberculosis in water solution</article-title>
    <trans-title-group xml:lang="ru">
     <trans-title>Влияние шаперона Skp на агрегацию OmpF порина Yersinia pseudotuberculosis в водных растворах</trans-title>
    </trans-title-group>
   </title-group>
   <contrib-group content-type="authors">
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Сидорин</surname>
       <given-names>Е В</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Sidorin</surname>
       <given-names>E V</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <email>sev1972@mail.ru</email>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-1"/>
    </contrib>
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Хоменко</surname>
       <given-names>В А</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Khomenko</surname>
       <given-names>V A</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-2"/>
    </contrib>
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Дмитренок</surname>
       <given-names>П С</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Dmitrenok</surname>
       <given-names>P S</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-3"/>
    </contrib>
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Стенкова</surname>
       <given-names>А М</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Stenkova</surname>
       <given-names>A M</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-4"/>
    </contrib>
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Новикова</surname>
       <given-names>О Д</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Novikova</surname>
       <given-names>O D</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-5"/>
    </contrib>
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Соловьева</surname>
       <given-names>Т Ф</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Solov’eva</surname>
       <given-names>T F</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-6"/>
    </contrib>
   </contrib-group>
   <aff-alternatives id="aff-1">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Тихоокеанский институт биоорганической химии им. Г.Б. Елякова ДВО РАН</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry,Far-Eastern Branch of the Russian Academy of Sciences</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <aff-alternatives id="aff-2">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Тихоокеанский институт биоорганической химии им. Г.Б. Елякова ДВО РАН</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry,Far-Eastern Branch of the Russian Academy of Sciences</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <aff-alternatives id="aff-3">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Тихоокеанский институт биоорганической химии им. Г.Б. Елякова ДВО РАН</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry,Far-Eastern Branch of the Russian Academy of Sciences</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <aff-alternatives id="aff-4">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Тихоокеанский институт биоорганической химии им. Г.Б. Елякова ДВО РАН</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry,Far-Eastern Branch of the Russian Academy of Sciences</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <aff-alternatives id="aff-5">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Тихоокеанский институт биоорганической химии им. Г.Б. Елякова ДВО РАН</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry,Far-Eastern Branch of the Russian Academy of Sciences</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <aff-alternatives id="aff-6">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Тихоокеанский институт биоорганической химии им. Г.Б. Елякова ДВО РАН</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">G.B. Elyakov Pacific Institute of Bioorganic Chemistry,Far-Eastern Branch of the Russian Academy of Sciences</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <pub-date publication-format="print" date-type="pub" iso-8601-date="2017-06-25T20:22:29+03:00">
    <day>25</day>
    <month>06</month>
    <year>2017</year>
   </pub-date>
   <pub-date publication-format="electronic" date-type="pub" iso-8601-date="2017-06-25T20:22:29+03:00">
    <day>25</day>
    <month>06</month>
    <year>2017</year>
   </pub-date>
   <volume>2</volume>
   <issue>1</issue>
   <fpage>255</fpage>
   <lpage>259</lpage>
   <history>
    <date date-type="received" iso-8601-date="2017-06-20T20:22:29+03:00">
     <day>20</day>
     <month>06</month>
     <year>2017</year>
    </date>
    <date date-type="accepted" iso-8601-date="2017-06-20T20:22:29+03:00">
     <day>20</day>
     <month>06</month>
     <year>2017</year>
    </date>
   </history>
   <self-uri xlink:href="https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54166/view">https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54166/view</self-uri>
   <abstract xml:lang="ru">
    <p>Изучение свойств и механизмов функционирования шаперонов представляет не только фундаментальный, но и прикладной интерес при разработке препаратов для профилактики и лечения нейродегенеративных заболеваний. В данной работе методом динамического светорассеяния продемонстрировано ингибирующее действие шаперона Skp на процесс сборки рекомбинантного OmpF порина наружной мембраны Yersinia pseudotuberculosis (rOmpF). Получены кривые распределения частиц белка и среднего значения их гидродинамических радиусов (RH) при переводе из денатурированного состояния (в 8 М мочевине, RH 8,2 нм) в водный раствор при кислых и щелочных значениях pH. Показано, что при рН 5,0, в условиях, близких к изоэлектрической точке белка, rOmpF достаточно быстро и необратимо агрегировал. Так, при 10-ти кратном разбавлении раствора денатурированного rOmpF буфером с pH 5,0 уже в первые минуты наблюдалось образование частиц с RH 53 нм, через час они увеличивались до размера седиметирующих частиц (1076 нм). В присутствии rSkp в этих условиях размеры частиц rOmpF (средний RH 50,6 нм) только незначительно изменялись в течение суток (до среднего RH 61,7 нм). При рН 8,0 наблюдалась обратимая самоассоциация rOmpF с образованием широкого распределения частиц белка по размерам (от 8 до 80 - 60 нм), которое незначительно изменялось с течением времени. В этих условиях Skp образовывал с rOmpF достаточно стабильный комплекс, размер частиц которого (средний RH 5,1 нм) сохранялся в течение суток.</p>
   </abstract>
   <trans-abstract xml:lang="en">
    <p>The study of the properties and mechanisms of chaperone functioning is not only fundamental, but also of practical interest in the development of drugs for the prevention and treatment of neurodegenerative diseases. In this study, using the dynamic light scattering the inhibitory effect of Skp chaperone on the process of assembling the recombinant OmpF porin from the outer membrane of Yersinia pseudotuberculosis (rOmpF) was demonstrated. The distribution curves of the protein particles and the mean value of their hydrodynamic radii (RH) were obtained from the denatured state (in 8 M urea, RH 8,2 nm) into the aqueous solution at acidic and alkaline pH values. It was shown that at pH 5,0, under conditions close to the isoelectric point of the protein, rOmpF quickly and irreversibly aggregated. Thus, with a 10-fold dilution of a denatured rOmpF solution with a pH 5,0 buffer, formation of particles with average RH 53 nm was already observed in the first minutes, after an hour they increased to the size of sedimenting particles (1076 nm). In the presence of rSkp under these conditions, the particle size rOmpF (average RH 50,6 nm) only slightly changed during the day (average RH of 61,7 nm). At pH 8,0, reversible self-association of rOmpF was observed with the formation of a wide size distribution of the protein particles (from 8 to 80-60 nm), which changed insignificantly with time. Under these conditions, Skp formed a sufficiently stable complex with rOmpF, the particle size of which (mean RH 5,1 nm) was preserved during the day.</p>
   </trans-abstract>
   <kwd-group xml:lang="ru">
    <kwd>шаперон Skp</kwd>
    <kwd>рекомбинантный порин OmpF</kwd>
    <kwd>Yersinia pseudotuberculosis</kwd>
    <kwd>белок наружной мембраны</kwd>
    <kwd>агрегация белков</kwd>
    <kwd>белок-белковые взаимодействия</kwd>
    <kwd>динамическое рассеяние света</kwd>
   </kwd-group>
   <kwd-group xml:lang="en">
    <kwd>chaperone Skp</kwd>
    <kwd>recombinant porin OmpF</kwd>
    <kwd>Yersinia pseudotuberculosis</kwd>
    <kwd>outer membrane protein</kwd>
    <kwd>aggregation of proteins</kwd>
    <kwd>protein-protein interactions</kwd>
    <kwd>dynamic light scattering</kwd>
   </kwd-group>
  </article-meta>
 </front>
 <body>
  <p></p>
 </body>
 <back>
  <ref-list>
   <ref id="B1">
    <label>1.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">Walton T.A., Sousa M.C. Crystal structure of Skp &lt; a prefoldin-like chaperone that protects soluble and membrane proteins from aggregation. Mol. Cell, 2004, vol. 15, pp. 367-374.</mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">Walton T.A., Sousa M.C. Crystal structure of Skp &lt; a prefoldin-like chaperone that protects soluble and membrane proteins from aggregation. Mol. Cell, 2004, vol. 15, pp. 367-374.</mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B2">
    <label>2.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">Schiffrin B., Calabrese A.N., Devine P.W.A., Harris S.A., Ashcroft A.E., Brockwell D.J., Radford S.E. Skp is a multivalent chaperone of outer membrane proteins. Nat. Struct. Mol. Biol., 2016, vol. 23, pp. 786-793.</mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">Schiffrin B., Calabrese A.N., Devine P.W.A., Harris S.A., Ashcroft A.E., Brockwell D.J., Radford S.E. Skp is a multivalent chaperone of outer membrane proteins. Nat. Struct. Mol. Biol., 2016, vol. 23, pp. 786-793.</mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B3">
    <label>3.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">Zaccai N.R., Sandlin C.W., Hoopes J.T., Curttis J.E., Fleming P.J., Fleming K.G., Krueger S. Deuterium labeling together with contrast variation small-angle neutron scattering suggests how Skp captures and releases unfolded outer membrane proteins. Methods Enzymol., 2016, vol. 566, pp. 159-210.</mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">Zaccai N.R., Sandlin C.W., Hoopes J.T., Curttis J.E., Fleming P.J., Fleming K.G., Krueger S. Deuterium labeling together with contrast variation small-angle neutron scattering suggests how Skp captures and releases unfolded outer membrane proteins. Methods Enzymol., 2016, vol. 566, pp. 159-210.</mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B4">
    <label>4.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">Cоловьева Т.Ф., Новикова О.Д., Портнягина О.Ю. Биогенез β-баррельных интегральных белков наружной мембраны бактерий. Биохимия, 2012, т. 77, № 11, с. 1459-1477. [Solov’eva T.F., Novikova O.D., Portmyagina О.Yu. Biogenesis of β-Barrel Integral Proteins Bacterial Outer Membrane. Biochemistry, 2012, vol. 77, no. 11, pp. 1459-1477 (In Russ.)]</mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">Colov'eva T.F., Novikova O.D., Portnyagina O.Yu. Biogenez β-barrel'nyh integral'nyh belkov naruzhnoy membrany bakteriy. Biohimiya, 2012, t. 77, № 11, s. 1459-1477. [Solov’eva T.F., Novikova O.D., Portmyagina O.Yu. Biogenesis of β-Barrel Integral Proteins Bacterial Outer Membrane. Biochemistry, 2012, vol. 77, no. 11, pp. 1459-1477 (In Russ.)]</mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B5">
    <label>5.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">Сидорин Е.В., Зиганшин Р.Х., Набережных Г.А., Лихацкая Г.Н., Трифонов Е.В., Анастюк С.Д., Черников О.В., Соловьева Т.Ф. Белок шаперон Skp из Yersinia pseudotuberculosis обладает способностью связывать иммуноглобулины // Биохимия, 2009, т. 74, № 4, с. 501-514.</mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">Sidorin E.V., Ziganshin R.H., Naberezhnyh G.A., Lihackaya G.N., Trifonov E.V., Anastyuk S.D., Chernikov O.V., Solov'eva T.F. Belok shaperon Skp iz Yersinia pseudotuberculosis obladaet sposobnost'yu svyazyvat' immunoglobuliny // Biohimiya, 2009, t. 74, № 4, s. 501-514.</mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B6">
    <label>6.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">Сидорин Е.В., Сидорова О.В., Тищенко Н.М., Хоменко В.А., Новикова О.Д., Соловьева Т.Ф. Шаперонная активность иммуноглобулинсвязывающего белка Yersinia pseudotuberculosis. Биологические мембраны, 2015, т. 32, № 3, с. 217-220.</mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">Sidorin E.V., Sidorova O.V., Tischenko N.M., Homenko V.A., Novikova O.D., Solov'eva T.F. Shaperonnaya aktivnost' immunoglobulinsvyazyvayuschego belka Yersinia pseudotuberculosis. Biologicheskie membrany, 2015, t. 32, № 3, s. 217-220.</mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B7">
    <label>7.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">Сидорин Е.В., Тищенко Н.М., Хоменко В.А., Исаева М.П., Дмитренок П.С., Ким Н.Ю., Лихацкая Г.Н., Соловьева Т.Ф. Молекулярное клонирование, выделение и характеристика шаперона Skp из Yersinia pseudotuberculosis. Биохимия, 2012, том 77, № 11, с. 1571-1583.</mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">Sidorin E.V., Tischenko N.M., Homenko V.A., Isaeva M.P., Dmitrenok P.S., Kim N.Yu., Lihackaya G.N., Solov'eva T.F. Molekulyarnoe klonirovanie, vydelenie i harakteristika shaperona Skp iz Yersinia pseudotuberculosis. Biohimiya, 2012, tom 77, № 11, s. 1571-1583.</mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B8">
    <label>8.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">Сидорин Е.В., Хоменко В.А., Ким Н.Ю., Новикова О.Д., Соловьева Т.Ф. Промежуточные состояния в сворачивании порообразующего белка OmpF Yersinia pseudotuberculosis и их структурные характеристики. Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ - 2016, Севастополь, 2016, с. 132-136.</mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">Sidorin E.V., Homenko V.A., Kim N.Yu., Novikova O.D., Solov'eva T.F. Promezhutochnye sostoyaniya v svorachivanii poroobrazuyuschego belka OmpF Yersinia pseudotuberculosis i ih strukturnye harakteristiki. Aktual'nye voprosy biologicheskoy fiziki i himii. BFFH - 2016, Sevastopol', 2016, s. 132-136.</mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B9">
    <label>9.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">Vincentelli R., Canaan S., Campanacci V., Calencia C., Maurin D., Frassinetti F., Scappucini-Calvo L., Bourne Y., Cambillau C., Bignon C. High-throughput automated refolding screening of inclusion bodies. Protein Science, 2004, vol. 13, pp. 2782-2792.</mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">Vincentelli R., Canaan S., Campanacci V., Calencia C., Maurin D., Frassinetti F., Scappucini-Calvo L., Bourne Y., Cambillau C., Bignon C. High-throughput automated refolding screening of inclusion bodies. Protein Science, 2004, vol. 13, pp. 2782-2792.</mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
  </ref-list>
 </back>
</article>
