Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ И ХИМИИ 2499-9962 54178 МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА И ФИЗИКА БИОМОЛЕКУЛ MOLECULAR BIOPHYSICS AND PHYSICS OF BIOMOLECULES МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА И ФИЗИКА БИОМОЛЕКУЛ Spatial structure of the hexapeptide glyprolines Пространственная структура гексапептидных глипролинов Исмаилова Л И Ismailova L I Аббаслы Р М Abbasli R M Abbasli_Rena@mail.ru Ахмедов Н А Akhmedov N A Бакинский Государственный Университет ru Baku State University ru Бакинский Государственный Университет ru Baku State University ru Бакинский Государственный Университет ru Baku State University ru 25 06 2017 25 06 2017 2 1 305 308 20 06 2017 20 06 2017 https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54178/view

С помощью метода теоретического конформационного анализа было исследовано пространственное строение и конформационные возможности двух гексапептидных молекул глипролинов: Pro-Gly-Pro-Gly-Pro-Gly и Pro-Gly-Pro-Gly-Pro-Arg. Эти молекулы участвуют в жизненно важных процессах организма и используются в качестве лекарственных препаратов. Расчет пространственной структуры пептидных молекул выполнялся в рамках механической модели молекул с учетом невалентных, электростатических, торсионных взаимодействий и энергии водородных связей. Найдены низкоэнергетические конформации гексапептидных молекул, значения двугранных углов основной и боковых цепей, оценена энергия внутри- и межостаточных взаимодействий. Расчет показал, что низкоэнергетическими для гексапептидных молекул являются свернутые формы основной цепи. Свернутая форма сближает участки основной цепи и боковые цепи аминокислот, входящих в эти молекулы, и приводит к их эффективным взаимодействиям.

The spatial structure of the hexapeptide molecules Pro-Gly-Pro-Gly-Pro-Gly, Pro-Gly-Pro-Gly - Pro-Arg and the conformational properties were investigated using theoretical conformational analysis method. These glyproline molecules regulate many of functions of a living organism. Using these regulatory peptides of the human body, you can create new and effective drugs. The potential energy of the each glyproline molecule was chosen as the sum of the non-valent, electrostatic and torsional interaction energies and the energy of hydrogen bonds. The low-energy conformations of earth molecule, the dihedral angles of the backbone and side chains of the amino acid residues of the hexapeptides, and the energies of intra- and inter-residual interactions were determined. It is revealed that low energy conformations of these molecules have the folded type of backbone. These folded forms bring parts of the backbone and the side chains of the amino acids together, and they result in convenient interactions.

 гексапептид конформация молекула пространственная структура hexapeptide conformation molecule spatial structure

Мартынова К.В., Андреева Л.А., Климова П.А. и др. Структурно-функциональные исследования глицин и пролин содержащих пертидов, являющихся нейропротекторами. Биоорг.химия, 2009, т. 35. № 2, с. 165-171. [Martynova K.V., Andreyeva L.A., Klimova P.A. et al. Structure-functional studies glysine and prolin containing peptides, which are neuroprotectors. Bioorg.chem., 2009, vol. 35, no. 2, pp. 165-171 (In Russ.)] Martynova K.V., Andreeva L.A., Klimova P.A. i dr. Strukturno-funkcional'nye issledovaniya glicin i prolin soderzhaschih pertidov, yavlyayuschihsya neyroprotektorami. Bioorg.himiya, 2009, t. 35. № 2, s. 165-171. [Martynova K.V., Andreyeva L.A., Klimova P.A. et al. Structure-functional studies glysine and prolin containing peptides, which are neuroprotectors. Bioorg.chem., 2009, vol. 35, no. 2, pp. 165-171 (In Russ.)] Ляпина Л.А., Григорьева М.Е., Андреева Л.А. и др. Защитные противоэффекты пролинсодержащих пептидов при стрессогенных воздействиях на организм животных. Известия РАН, серия биологическая, 2010, № 4, с. 462-467. [Lyapina L., Grigorieva M.E., Andreyeva L.A. et al. Protective counter-effects of proline-containing peptides under stressogenic effects on the animal organism. Izvestiya RAN, biological ser., 2010, no. 4, pp. 462-467 (In Russ.)] Lyapina L.A., Grigor'eva M.E., Andreeva L.A. i dr. Zaschitnye protivoeffekty prolinsoderzhaschih peptidov pri stressogennyh vozdeystviyah na organizm zhivotnyh. Izvestiya RAN, seriya biologicheskaya, 2010, № 4, s. 462-467. [Lyapina L., Grigorieva M.E., Andreyeva L.A. et al. Protective counter-effects of proline-containing peptides under stressogenic effects on the animal organism. Izvestiya RAN, biological ser., 2010, no. 4, pp. 462-467 (In Russ.)] Бакаева З.В., Самонина Г.Е., Умарова Б.А., Копылова Г.Н., Гончарова Е.Л., Багликова К.Е. Исследование противовоспалительных свойств глипролинов на экспериментальной модели острого перитонита у крыс. Цитокины и воспаление, 2008, т. 7, № 2, с. 28-32. Bakaeva Z.V., Samonina G.E., Umarova B.A., Kopylova G.N., Goncharova E.L., Baglikova K.E. Issledovanie protivovospalitel'nyh svoystv gliprolinov na eksperimental'noy modeli ostrogo peritonita u krys. Citokiny i vospalenie, 2008, t. 7, № 2, s. 28-32. Popov E.M. An Approach to calculations of the problem of structure- functional organization of natural peptides. Mol. Biol., 1985, vol. 19, pp. 1107-1138. Popov E.M. An Approach to calculations of the problem of structure- functional organization of natural peptides. Mol. Biol., 1985, vol. 19, pp. 1107-1138. Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godjaev N.M. A computer program for calculation of conformations of molecular systems, J. Struc. Chem., 1983, vol. 24, pp. 147-148. Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godjaev N.M. A computer program for calculation of conformations of molecular systems, J. Struc. Chem., 1983, vol. 24, pp. 147-148. IUPAC-IUB Quantity, Units and Symbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications, Oxford, 1988, vol.39. IUPAC-IUB Quantity, Units and Symbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications, Oxford, 1988, vol.39.