<!DOCTYPE article
PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.4 20190208//EN"
       "JATS-journalpublishing1.dtd">
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" article-type="research-article" dtd-version="1.4" xml:lang="en">
 <front>
  <journal-meta>
   <journal-id journal-id-type="publisher-id">Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty</journal-id>
   <journal-title-group>
    <journal-title xml:lang="en">Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty</journal-title>
    <trans-title-group xml:lang="ru">
     <trans-title>АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ И ХИМИИ</trans-title>
    </trans-title-group>
   </journal-title-group>
   <issn publication-format="print">2499-9962</issn>
  </journal-meta>
  <article-meta>
   <article-id pub-id-type="publisher-id">54395</article-id>
   <article-categories>
    <subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru">
     <subject>Моделирование в биофизике</subject>
    </subj-group>
    <subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en">
     <subject>Modelling in biophycis</subject>
    </subj-group>
    <subj-group>
     <subject>Моделирование в биофизике</subject>
    </subj-group>
   </article-categories>
   <title-group>
    <article-title xml:lang="en">STRUCTURAL ORGANIZATION OF THE GLYPROLINE PENTAPEPTIDE MOLECULE</article-title>
    <trans-title-group xml:lang="ru">
     <trans-title>СТРУКТУРНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ГЛИПРОЛИНОВОЙ ПЕНТАПЕПТИДНОЙ МОЛЕКУЛЫ</trans-title>
    </trans-title-group>
   </title-group>
   <contrib-group content-type="authors">
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Исмаилова</surname>
       <given-names>Л И</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Ismailova</surname>
       <given-names>L I</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <email>lara.ismailova.52@mail.ru</email>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-1"/>
    </contrib>
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Аббаслы</surname>
       <given-names>Р М</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Abbasli</surname>
       <given-names>R M</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-2"/>
    </contrib>
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Ахмедов</surname>
       <given-names>Н А</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Akhmedov</surname>
       <given-names>N A</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-3"/>
    </contrib>
   </contrib-group>
   <aff-alternatives id="aff-1">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Бакинский Государственный университет, Институт физических проблем</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">Baku State University, Institute for Physical Problems</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <aff-alternatives id="aff-2">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Бакинский Государственный университет, Институт физических проблем</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">Baku State University, Institute for Physical Problems</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <aff-alternatives id="aff-3">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Бакинский Государственный университет, Институт физических проблем</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">Baku State University, Institute for Physical Problems</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <pub-date publication-format="print" date-type="pub" iso-8601-date="2019-03-25T20:22:29+03:00">
    <day>25</day>
    <month>03</month>
    <year>2019</year>
   </pub-date>
   <pub-date publication-format="electronic" date-type="pub" iso-8601-date="2019-03-25T20:22:29+03:00">
    <day>25</day>
    <month>03</month>
    <year>2019</year>
   </pub-date>
   <volume>4</volume>
   <issue>1</issue>
   <fpage>51</fpage>
   <lpage>56</lpage>
   <history>
    <date date-type="received" iso-8601-date="2019-03-20T20:22:29+03:00">
     <day>20</day>
     <month>03</month>
     <year>2019</year>
    </date>
    <date date-type="accepted" iso-8601-date="2019-03-20T20:22:29+03:00">
     <day>20</day>
     <month>03</month>
     <year>2019</year>
    </date>
   </history>
   <self-uri xlink:href="https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54395/view">https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54395/view</self-uri>
   <abstract xml:lang="ru">
    <p>К регуляторным пептидам относится семейство глипролинов - коротких пептидов, аминокислотные последовательности которых содержат остатки глицина и пролина. В настоящее время механизмы действия глипролинов и их мишени мало изучены. Важной задачей также является создание синтетических аналогов глипролинов, молекулы которых отличаются высокой стабильностью и эффективностью. Актуальным представляется проведение структурно-функциональных исследований глипролинов и их синтетических аналогов на модельных системах с помощью теоретических методов исследования. С помощью метода молекулярной механики было определено пространственное строение и конформационные свойства глипролиновой пентапептидной молекулы Thr-Lys-Pro-Gly-Pro. Потенциальная энергия молекулы оценивалась как сумма невалентных, электростатических, торсионных взаимодействий и энергии водородных связей. Найдены 7 низкоэнергетических конформаций для глипролинового пентапептида, значения двугранных углов основной и боковых цепей, оценена энергия внутри- и межостаточных взаимодействий. Расчет показал, что низкоэнергетическими для пентапептида являются полусвернутые формы основной цепи. Боковые цепи аминокислот Thr и Lys в низкоэнергетических конформациях осуществляют эффективные взаимодействия и являются конформационно лабильными аминокислотами, они сближают участки основной цепи и боковые цепи аминокислот, входящих в пентапептид.</p>
   </abstract>
   <trans-abstract xml:lang="en">
    <p>Regulatory peptides include a family of glyprolines, short peptides whose amino acid sequences contain glycine and proline residues. At present, the mechanisms of action of glyprolines and their targets are poorly understood. An important task is also the creation of synthetic analogues of glyprolines, the molecules of which are distinguished by high stability and efficiency. It seems relevant to carry out structural and functional studies of glyprolines and their synthetic analogues on model systems using theoretical research methods. Using the method of molecular mechanics, the spatial structure and conformational properties of the glyproline pentapeptide molecule Thr-Lys-Pro-Gly-Pro were determined. The potential energy of the molecule was estimated as the sum of non-valent, electrostatic, torsion interactions and the energy of hydrogen bonds. 7 low-energy conformations were found for glyproline pentapeptide, the values of structure the dihedral angles of the main and side chains, and the energy of intra-and inter-residue interactions was estimated. It is revealed that low energy conformations of this molecule have the half-folded type of backbone. The side chains of the Thr and Lys amino acids in low-energy conformations carry out effective interactions and are conformationally labile amino acids, they bring together the regions of the main chain and the side chains of the amino acids included in the pentapeptide.</p>
   </trans-abstract>
   <kwd-group xml:lang="ru">
    <kwd>пентапептид</kwd>
    <kwd>конформация</kwd>
    <kwd>молекула</kwd>
    <kwd>пространственная структура</kwd>
   </kwd-group>
   <kwd-group xml:lang="en">
    <kwd>pentapeptide</kwd>
    <kwd>conformation</kwd>
    <kwd>molecule</kwd>
    <kwd>spatial structure</kwd>
   </kwd-group>
  </article-meta>
 </front>
 <body>
  <p></p>
 </body>
 <back>
  <ref-list>
   <ref id="B1">
    <label>1.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              Мартынова К.В., Андреева Л.А., Климова П.А. и др. Структурно-функциональные исследования глицин и пролин содержащих пертидов, являющихся нейропротекторами. Биоорг. хим., 2009, т. 35, № 2, с. 165-171. [Martinova K.V., Andreeva L.A., Klimova P.A. et al. Structure-functional investigation of the glysin and prolin containing peptides, which are neyroprotectors, Bioorg. chim., 2009, vol. 35, no. 2, pp. 165-171. (In Russ.)]
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              Martynova K.V., Andreeva L.A., Klimova P.A. i dr. Strukturno-funkcional'nye issledovaniya glicin i prolin soderzhaschih pertidov, yavlyayuschihsya neyroprotektorami. Bioorg. him., 2009, t. 35, № 2, s. 165-171. [Martinova K.V., Andreeva L.A., Klimova P.A. et al. Structure-functional investigation of the glysin and prolin containing peptides, which are neyroprotectors, Bioorg. chim., 2009, vol. 35, no. 2, pp. 165-171. (In Russ.)]
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B2">
    <label>2.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              Falalyeyeva T.M., Samonina G.E., Beregovaya T.V. [et. al] Effects of glyprolines PGP, PG and GP on homeostasis of gastric mucosa in rats with experimental ethanol-induced gastric ulcers. Bull. Exp. Biol. Med., 2010, vol. 149, no. 6, pp. 699-701.
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              Falalyeyeva T.M., Samonina G.E., Beregovaya T.V. [et. al] Effects of glyprolines PGP, PG and GP on homeostasis of gastric mucosa in rats with experimental ethanol-induced gastric ulcers. Bull. Exp. Biol. Med., 2010, vol. 149, no. 6, pp. 699-701.
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B3">
    <label>3.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              Попов Е.М. Белки и пептиды. М.: Наука, 1995, 442 c. [Popov E.M. Proteins and peptides. Moscow: Science, 1995, 442 p.]
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              Popov E.M. Belki i peptidy. M.: Nauka, 1995, 442 c. [Popov E.M. Proteins and peptides. Moscow: Science, 1995, 442 p.]
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B4">
    <label>4.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              IUPAC-IUB Quantity, Units and Symbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications, Oxford, 1988. vol. 39.
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              IUPAC-IUB Quantity, Units and Symbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications, Oxford, 1988. vol. 39.
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B5">
    <label>5.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              Максумов И.С., Исмаилова Л.И., Годжаев Н.М. Программа полуэмпирического расчета конформаций молекулярных комплексов на ЭВМ. Журнал структурной химии, 1983, т. 24, № 4, с. 147-148. [Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godjayev N.M. Program of the semi-empirical calculation of the conformations of the molecular complexes on the IBM. Journal of structural chemistry, 1983, vol. 24, no. 4, pp. 147-148]
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godzhaev N.M. Programma poluempiricheskogo rascheta konformaciy molekulyarnyh kompleksov na EVM. Zhurnal strukturnoy himii, 1983, t. 24, № 4, s. 147-148. [Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godjayev N.M. Program of the semi-empirical calculation of the conformations of the molecular complexes on the IBM. Journal of structural chemistry, 1983, vol. 24, no. 4, pp. 147-148]
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B6">
    <label>6.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              Ismailova L.I., Abbasli R.M., Akhmedov N.A. Use of Informational Technologies in Study of the spatial structure of glyprolines. AICT 2012, VI International Conference Application of Information and Communication Technologies, Tbilisi, Georgia, 2012, pp. 389-392.
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              Ismailova L.I., Abbasli R.M., Akhmedov N.A. Use of Informational Technologies in Study of the spatial structure of glyprolines. AICT 2012, VI International Conference Application of Information and Communication Technologies, Tbilisi, Georgia, 2012, pp. 389-392.
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
  </ref-list>
 </back>
</article>
