Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ И ХИМИИ 2499-9962 54540 Общая биофизика General biophysics Общая биофизика Multivariate statistical analysis of spatial DNA structures at the interfaces of homeodomen- DNA complexes: «Dickerson parameters» Многомерный статистический анализ пространственных структур ДНК в интерфейсах комплексов гомеодомен-ДНК: «диккерсоновы параметры» Полозов Р В Polozov R V polrob@mail.ru Грохлина Т И Grokhlina T I Панченко Л А Panchenko L A Иванов В В Ivanov V V Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН ru Institute of Theoretical and Experimental Biophysic, Russian Academy of Sciences ru Институт математических проблем биологии РАН - филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН ru Institute of Mathematical Problems of Biology, Keldysh Institute of Applied Mathematics, Russian Academy of Sciences ru Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова ru Lomonosov Moscow State University ru Объединенный институт ядерных исследований; Национальный исследовательский ядерный университет «МИФИ» ru Joint Institute for Nuclear Research Dubna; National Research Nuclear University “MEPhI” ru 25 09 2020 25 09 2020 5 3 386 389 20 09 2020 20 09 2020 https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54540/view

Специфические комплексы гомеодоменов с ДНК образуются при связывании белка с двуспиральной ДНК в B-форме (по широкому желобу). Классификация комплексов белок-ДНК и их интерфейсов по физико-химическим, геометрическим параметрам связана с решением ряда задач вычислительного и статистического характера. Классификация должна дать сведения о взаимосвязи комплексов друг с другом, дать возможность проследить их эволюцию и дать основу для формулировок правил узнавания и построения моделей узнавания. Для решения задач классификации необходимо составить список надлежащих дескрипторов комплексов и их интерфейсов, провести многомерный статистический анализ данных из этого списка. Мы используем геометрические параметры, 3DNA: a software package, пространственных структур ДНК в интерфейсах 75 комплексов гомеодомен-ДНК (PDB). В данной работе представлены результаты многомерного статистического анализа «диккерсоновых параметров» пар азотистых оснований ДНК в интерфейсах комплексов гомеодомен-ДНК.

Specific complexes of homeodomains with DNA are formed when the protein binds to double-stranded DNA in the B-form (along the wide groove). The classification of protein-DNA complexes and their interfaces according to physicochemical and geometric parameters is associated with solving a number of computational and statistical problems. Classification should provide information on the relationship of complexes with each other, provide an opportunity to trace their evolution and provide a basis for the formulation of recognition rules and the construction of recognition models. To solve the classification problems, it is necessary to compile a list of appropriate descriptors of the complexes and their interfaces, to conduct a multivariate statistical analysis of the data from this list. We use geometric parameters, 3DNA: a software package, of spatial DNA structures at the interfaces of 75 homeodomain-DNA complexes (PDB). This paper presents the results of a multivariate statistical analysis of “Dickerson parameters” of nitrogenous base pairs of DNA at the interfaces of homeodomain-DNA complexes.

 гомеодомен-ДНК «диккерсоновы параметры» интерфейс деформация ДНК классификация homeodomain-DNA "Dickerson parameters" interface DNA deformation classification

Siggers T., Gordаn R. Protein-DNA binding: complexities and multi-protein codes. Nucleic Acids Research, 2014, vol. 42, no. 4, pp. 2099-2111. DOI: 10.1093/nar/gkt1112. Siggers T., Gordan R. Protein-DNA binding: complexities and multi-protein codes. Nucleic Acids Research, 2014, vol. 42, no. 4, pp. 2099-2111. DOI: 10.1093/nar/gkt1112. Lu X-J, Olson W.K. 3DNA: a software package for the analysis, rebuilding and visualization of three-dimensional nucleic acid structures. Nucleic Acids Res., 2003, vol. 31, pp. 5108-5121. DOI: 10.1093/nar/gkg680. Lu X-J, Olson W.K. 3DNA: a software package for the analysis, rebuilding and visualization of three-dimensional nucleic acid structures. Nucleic Acids Res., 2003, vol. 31, pp. 5108-5121. DOI: 10.1093/nar/gkg680. Xiang-Jun Lu, Wilma K. Olson Characterization of base pair geometry. Computational Crystallography Newsletter, 2016, vol. 7, pp. 6-9. Xiang-Jun Lu, Wilma K. Olson Characterization of base pair geometry. Computational Crystallography Newsletter, 2016, vol. 7, pp. 6-9. Zar J.H. Biostatistical Analysis. Upper Saddle River, N.J.: Prentice-Hall, 1999. Zar J.H. Biostatistical Analysis. Upper Saddle River, N.J.: Prentice-Hall, 1999.