<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE article
PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.4 20190208//EN"
       "JATS-journalpublishing1.dtd">
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" article-type="research-article" dtd-version="1.4" xml:lang="en">
 <front>
  <journal-meta>
   <journal-id journal-id-type="publisher-id">Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty</journal-id>
   <journal-title-group>
    <journal-title xml:lang="en">Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty</journal-title>
    <trans-title-group xml:lang="ru">
     <trans-title>АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ И ХИМИИ</trans-title>
    </trans-title-group>
   </journal-title-group>
   <issn publication-format="print">2499-9962</issn>
  </journal-meta>
  <article-meta>
   <article-id pub-id-type="publisher-id">54666</article-id>
   <article-categories>
    <subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru">
     <subject>Моделирование в биофизике</subject>
    </subj-group>
    <subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en">
     <subject>Modelling in biophycis</subject>
    </subj-group>
    <subj-group>
     <subject>Моделирование в биофизике</subject>
    </subj-group>
   </article-categories>
   <title-group>
    <article-title xml:lang="en">Molecular dynamics simulation of metal sulfides processing in presence of flagellin</article-title>
    <trans-title-group xml:lang="ru">
     <trans-title>Молекулярное моделирование процесса синтеза наночастиц сульфида цинка в присутствии молекул флагеллина</trans-title>
    </trans-title-group>
   </title-group>
   <contrib-group content-type="authors">
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Жулидин</surname>
       <given-names>П А</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Zhulidin</surname>
       <given-names>P A</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <email>zhulidin@mail.ru</email>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-1"/>
    </contrib>
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Филин</surname>
       <given-names>П Д</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Filin</surname>
       <given-names>P D</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-2"/>
    </contrib>
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Пластун</surname>
       <given-names>И Л</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Plastun</surname>
       <given-names>I L</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-3"/>
    </contrib>
   </contrib-group>
   <aff-alternatives id="aff-1">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Саратовский государственный технический университет имени Ю.А. Гагарина</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">Yuri Gagarin State Technical University of Saratov</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <aff-alternatives id="aff-2">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Саратовский государственный технический университет имени Ю.А. Гагарина</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">Yuri Gagarin State Technical University of Saratov</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <aff-alternatives id="aff-3">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Саратовский государственный технический университет имени Ю.А. Гагарина</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">Yuri Gagarin State Technical University of Saratov</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <pub-date publication-format="print" date-type="pub" iso-8601-date="2021-09-25T20:22:29+03:00">
    <day>25</day>
    <month>09</month>
    <year>2021</year>
   </pub-date>
   <pub-date publication-format="electronic" date-type="pub" iso-8601-date="2021-09-25T20:22:29+03:00">
    <day>25</day>
    <month>09</month>
    <year>2021</year>
   </pub-date>
   <volume>6</volume>
   <issue>3</issue>
   <fpage>409</fpage>
   <lpage>412</lpage>
   <history>
    <date date-type="received" iso-8601-date="2021-09-20T20:22:29+03:00">
     <day>20</day>
     <month>09</month>
     <year>2021</year>
    </date>
    <date date-type="accepted" iso-8601-date="2021-09-20T20:22:29+03:00">
     <day>20</day>
     <month>09</month>
     <year>2021</year>
    </date>
   </history>
   <self-uri xlink:href="https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54666/view">https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54666/view</self-uri>
   <abstract xml:lang="ru">
    <p>Методами молекулярной динамики исследуются механизмы межмолекулярного взаимодействия, возникающего между ионами цинка и молекулами флагеллина в процессе бактериального синтеза наночастиц сульфида цинка с помощью бактерий Bacillus subtilis 168. Отличительной особенностью этого процесса является то, что единственным белком, участвующим в процессе синтеза и адсорбирующимся на поверхности частиц, является белок флагеллин. В результате анализа динамики молекулы флагеллина и образующихся в ходе взаимодействия водородных связей было обнаружено, что при температуре 300К в присутствии ионов цинка степень комплексообразования молекулы флагеллина существенно возрастает, что способствует образованию наночастиц сульфида металла.</p>
   </abstract>
   <trans-abstract xml:lang="en">
    <p>Molecular dynamics methods are used to study the molecular mechanisms of interaction between zinc ions and flagellin that occurs during the bacterial synthesis of zinc sulfide nanoparticles. The main characteristic of Bacillus subtilis 168 bacteria for production of zinc sulfide nanoparticles by biosynthesis is that the only one protein involved in the bacterial processing is flagellin . It was found that the temperature of 300 K increases the degree of complexation of the flagellin molecule significantly, which contributes to the formation of metal nanoparticles.</p>
   </trans-abstract>
   <kwd-group xml:lang="ru">
    <kwd>ионы цинка</kwd>
    <kwd>флагеллин</kwd>
    <kwd>молекулярное моделирование</kwd>
    <kwd>водородные связи</kwd>
    <kwd>наноматериалы</kwd>
   </kwd-group>
   <kwd-group xml:lang="en">
    <kwd>zinc ions</kwd>
    <kwd>flagellin</kwd>
    <kwd>molecular modeling</kwd>
    <kwd>hydrogen bonds</kwd>
    <kwd>nanomaterials</kwd>
   </kwd-group>
  </article-meta>
 </front>
 <body>
  <p></p>
 </body>
 <back>
  <ref-list>
   <ref id="B1">
    <label>1.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              Журавлева О.А., Воейкова Т.А., Хаддаж М.Х. и др. Бактериальный синтез наночастиц сульфидов кадмия и цинка. Характеристика и перспектива их применения. Молекулярная генетика, микробиология, вирусология, 2018, № 36 (4), c. 191-198. @@Zhuravleva O.A., Voeikova T.A., Khaddazh M.Kh. et al. Bacterial synthesis of cadmium and zinc sulfide nanoparticles. Characteristics and perspective of their application. Molecular Genetics, Microbiology, Virology, 2018, no. 36 (4), pp. 191-198. (In Russ.)
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              Zhuravleva O.A., Voeykova T.A., Haddazh M.H. i dr. Bakterial'nyy sintez nanochastic sul'fidov kadmiya i cinka. Harakteristika i perspektiva ih primeneniya. Molekulyarnaya genetika, mikrobiologiya, virusologiya, 2018, № 36 (4), c. 191-198. @@Zhuravleva O.A., Voeikova T.A., Khaddazh M.Kh. et al. Bacterial synthesis of cadmium and zinc sulfide nanoparticles. Characteristics and perspective of their application. Molecular Genetics, Microbiology, Virology, 2018, no. 36 (4), pp. 191-198. (In Russ.)
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B2">
    <label>2.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              Пластун И.Л., Захаров А.А., Наумов А.А., Жулидин П.А., Филин П.Д. Спектральные проявления молекулярных механизмов образования наночастиц сульфида серебра методом бактериального синтеза. Оптика и спектроскопия, 2021, т. 129, вып. 6, c. 717-726. @@Plastun I.L., Zakharov A.A., Naumov A.A., Zhulidin P.A., Filin P.D. Spectral manifestations of molecular mechanisms of the formation of silver sulfide nanoparticles by bacterial synthesis. Optics and Spectroscopy, 2021, vol. 129, no. 6, pp. 717-726. (In Russ.)
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              Plastun I.L., Zaharov A.A., Naumov A.A., Zhulidin P.A., Filin P.D. Spektral'nye proyavleniya molekulyarnyh mehanizmov obrazovaniya nanochastic sul'fida serebra metodom bakterial'nogo sinteza. Optika i spektroskopiya, 2021, t. 129, vyp. 6, c. 717-726. @@Plastun I.L., Zakharov A.A., Naumov A.A., Zhulidin P.A., Filin P.D. Spectral manifestations of molecular mechanisms of the formation of silver sulfide nanoparticles by bacterial synthesis. Optics and Spectroscopy, 2021, vol. 129, no. 6, pp. 717-726. (In Russ.)
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B3">
    <label>3.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              Gromacs. [Электронный ресурс] Режим доступа: https://www.gromacs.org/About_Gromacs
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              Gromacs. [Elektronnyy resurs] Rezhim dostupa: https://www.gromacs.org/About_Gromacs
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B4">
    <label>4.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K., Maragakis P., Klepeis J.L., Dror R.O., Shaw D.E. Improved side-chain torsion potentials for the Amber ff99SB protein force field. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2010, vol. 78, iss. 8, pp. 1950-1958.
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K., Maragakis P., Klepeis J.L., Dror R.O., Shaw D.E. Improved side-chain torsion potentials for the Amber ff99SB protein force field. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2010, vol. 78, iss. 8, pp. 1950-1958.
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B5">
    <label>5.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              RCSB Protein Data Bank. [Электронный ресурс] Режим доступа: https://www.rcsb.org/3d-view/6GOW. doi 10.2210/pdb6GOW/pdb
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              RCSB Protein Data Bank. [Elektronnyy resurs] Rezhim dostupa: https://www.rcsb.org/3d-view/6GOW. doi 10.2210/pdb6GOW/pdb
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
  </ref-list>
 </back>
</article>
