Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ И ХИМИИ 2499-9962 54026 МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА И ФИЗИКА БИОМОЛЕКУЛ MOLECULAR BIOPHYSICS AND PHYSICS OF BIOMOLECULES МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА И ФИЗИКА БИОМОЛЕКУЛ CONFORMATIONAL ANALYSIS NEUROPEPTIDE [HYP2]MET-CALLATOSTATIN КОНФОРМАЦИОННЫЙ АНАЛИЗ НЕЙРОПЕПТИДА [HYP2]MET-ГАЛЛАТОСТАТИНА Велиева Л И Veliyeva L I Lala_Veliyeva@rambler.ru Бакинский государственный университет ru Baku State University ru 25 06 2016 25 06 2016 1 1 191 196 20 06 2016 20 06 2016 https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54026/view

В работе методом молекулярной механики в приближении атом-атомных потенциальных функций исследовано пространственное строение и конформационные свойства нейропептида из семейства аллатостатинов, получившего название [Hyp2]Met-галлатостатина. Исследования основывались на минимизации энергии внутримолекулярных взаимодействий (невалентных, электростатических, торсионных) в окрестностях углов внутреннего вращения, соответствующих всем комбинациям стабильных конформаций монопептидных остатков, образующих молекулу. Установлены десять энергетически стабильных конформаций нейропептида, реализуемых в условиях неявно заданного водного окружения, относительная конформационная энергия которых варьирует в интервале значений 0-10 ккал/моль. Показано, система водородных связей, несмотря на небольшой вклад в общую энергию молекулы, весьма важна для сохранения устойчивой структуры и ограничения подвижности [Hyp2]Met-галлатостатин. Согласно результатам исследования, основной вклад в стабилизацию низкоэнергетических конформаций молекулы вносят невалентные взаимодействия.

In work by the method of molecular mechanics in approximation of atom-atom potential functions is studied the spatial structure and conformational properties of the neuropeptide from allatostatin family, got the name of [Hyp2]Met-callatostatin. The researches were based on minimizing of the energy of intramolecular interactions ( non- bonded, electrostatic, torsion ) in the vicinity of the internal rotation angles corresponding to all combinations of stable conformations of monopeptide residues forming a molecule. There determined ten energetically stable conformations of neuropeptide, implemented under the conditions of implicitly given aqueous environment , the relative conformational energy of which varies in the range of 0-10 kcal / mol. It was shown that the system of hydrogen bonds, despite a small contribution to the total energy of the molecule is essential for the preservation of a stable structure and restriction of [Hyp2]Met-callatostatin . According to the research results, the main contribution to the stabilization of low-energy conformations of the molecule are made by non - valentinteractions.

 нейропептиды структура конформационный анализ neyropeptides structures conformational analysis

Duve H., Johnsen A.H., Scott A.G., Yu C.G., Yagi K.J., Tobe S.S., Thorpe A. Callatostatins: Neuropeptides from the blowfly Calliphora vomitoria with sequence homology to cockroach allatostatins. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, vol. 90, pp. 2456-2460. Duve H., Johnsen A.H., Scott A.G., Yu C.G., Yagi K.J., Tobe S.S., Thorpe A. Callatostatins: Neuropeptides from the blowfly Calliphora vomitoria with sequence homology to cockroach allatostatins. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, vol. 90, pp. 2456-2460. Duve H., Johnsen A.H., Maestro J.L., Scott A.G. East P.D., Thorpe A. Identification of the dipteran Leu- callatostatin peptide family: the pattern of precursor processing revealed by isolation studies in Calliphora vomitoria. Regul. Pept., 1996, vol. 67, pp. 11-19 Duve H., Johnsen A.H., Maestro J.L., Scott A.G. East P.D., Thorpe A. Identification of the dipteran Leu- callatostatin peptide family: the pattern of precursor processing revealed by isolation studies in Calliphora vomitoria. Regul. Pept., 1996, vol. 67, pp. 11-19 Duve H., Thorpe A. Distribution and functional significance of Leu-callatostatins in the blowfly Calliphora vomitoria. Cell Tissue Res., 1994, vol. 276, pp. 367-379 Duve H., Thorpe A. Distribution and functional significance of Leu-callatostatins in the blowfly Calliphora vomitoria. Cell Tissue Res., 1994, vol. 276, pp. 367-379 Momany F.A., McGuire R.F., Burgess A.W., Scheraga H.A. Energy parameters in polypeptides: VII. Geometric parameters partial atomic charges, nonbonded interaction for naturally occurring amino acid. J. Phys. Chem., 1975, vol. 79, pp. 2361-2381. Momany F.A., McGuire R.F., Burgess A.W., Scheraga H.A. Energy parameters in polypeptides: VII. Geometric parameters partial atomic charges, nonbonded interaction for naturally occurring amino acid. J. Phys. Chem., 1975, vol. 79, pp. 2361-2381. Popov E.M. The Structural Organization of Proteins. Moscow: Nauka, 1989, 352 pp. (in Russ.) Popov E.M. The Structural Organization of Proteins. Moscow: Nauka, 1989, 352 pp. (in Russ.) IUPAC-IUB Commision on Biochemical Nomenclature Abbreviations and symbols for description of conformation of polypeptide chains. Pure Appl. Chem., 1974, vol. 40, pp. 291-308. IUPAC-IUB Commision on Biochemical Nomenclature Abbreviations and symbols for description of conformation of polypeptide chains. Pure Appl. Chem., 1974, vol. 40, pp. 291-308.