Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ И ХИМИИ 2499-9962 54286 Моделирование в биофизике Modelling in biophycis Моделирование в биофизике CONFORMATIONAL BEHAVİOR OF IMMUNOSTIMULATING PEPTIDE VAL-GLU-PRO-ILE-PRO-TYR КОНФОРМАЦИОННОЕ ПОВЕДЕНИЕ ИММУНОСТИМУЛИРУЮЩЕГО ПЕПТИДА VAL-GLU-PRO-ILE-PRO-TYR Агаева Г А Agaeva G A gulshen@mail.ru Гасымова У Б Qasimova H B Бакинский государственный университет; Бакинский инженерный университет ru Baku State University; Baku Engineering University ru Бакинский инженерный университет ru Baku Engineering University ru 25 06 2018 25 06 2018 3 2 316 319 20 06 2018 20 06 2018 https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54286/view

Методом теоретического конформационного анализа были исследованы конформационные особенности иммуностимулирующего гексапептида Val-Glu-Pro-Ile-Pro-Tyr, выделенного путем ферментативного раcщепления из молекулы казеина человека. В результате расчетов были определены стабильные структуры молекулы в виде ограниченного набора низкоэнергетических конформаций. Было показано, что для этой молекулы энергетически наиболее предпочтительными оказались конформации, характеризующиеся компактно свернутой формой пептидного остова. Были определены величины двугранных углов основной и боковых цепей и оценены энергетические вклады внутри и межостаточных взаимодействий во всех оптимальных конформацияхт гексапептида. Сопоставление геометрических и энергетических параметров стабильных структур гексапептида позволило выявить конформационно подвижные и консервативные участки молекулы .

By theoretical conformational analysis method have been investigated the сonformational properties of immunostimulating hexapeptide, obtained from human casein by enzymatic digestion. Conformational analysis indicate that the spatial structure of hexapeptide can be described by set of low-energy conformations. It is shown that immunostimulating hexapeptide forms energetically favoured conformations with compact folded shapes of backbone. Calculations produced the values of all dihedral angles of the backbones and side chains and also intra- and inter-residue interactions energy contributions at the preferred conformations of hexapeptide. The comparison of the geometric and energetic parameters of stable conformations of hexapeptide permit to determine the conformational flexible and conservative segments of molecule.

 иммуностимулирующий гексапептид фагоцитоз конформация теоретический конформационный анализ подвижность immunostimulating hexapeptide phagocytosis conformation theoretical conformational analysis flexibility

Parker F., Migliore-samour D., Floc'h F.,Zerial A., Werner G.H., Jollles J., Casaretto M., Zahn H., Jolles P., Immunostimulating hexapeptide from human casein :amino acid sequence, synthesis and biological properties. Eur. J. Biochem., 1984, vol. 45, pp. 677-682. Parker F., Migliore-samour D., Floc'h F.,Zerial A., Werner G.H., Jollles J., Casaretto M., Zahn H., Jolles P., Immunostimulating hexapeptide from human casein :amino acid sequence, synthesis and biological properties. Eur. J. Biochem., 1984, vol. 45, pp. 677-682. Jaziri M., Migliore-Samour D., Casabianca-Pignède M.-R. ,Keddad K., Morgat J.K. , Jollès P. Specific binding sites on human phagocytic blood cells for Gly-Leu-Phe and Val-Glu-Pro-Ile-Pro-Tyr, immunostimulating peptides from human milk proteins. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Protein Structure and Molecular Enzymology, 1992, vol. 1160, iss. 3, pp. 251-261 Jaziri M., Migliore-Samour D., Casabianca-Pignède M.-R. ,Keddad K., Morgat J.K. , Jollès P. Specific binding sites on human phagocytic blood cells for Gly-Leu-Phe and Val-Glu-Pro-Ile-Pro-Tyr, immunostimulating peptides from human milk proteins. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Protein Structure and Molecular Enzymology, 1992, vol. 1160, iss. 3, pp. 251-261 Rysz J., Redliński A., Mudyna J., Lucia M. Synthesis and immunomodulatory activity of novel analogues of human beta-casein fragment [54-59]. Acta pol pharm., 2000, vol. 57, pp. 11-14. Rysz J., Redliński A., Mudyna J., Lucia M. Synthesis and immunomodulatory activity of novel analogues of human beta-casein fragment [54-59]. Acta pol pharm., 2000, vol. 57, pp. 11-14. Momany F., McGuire R., Burgess A., Scheraga H. Energy parameters in polypeptides. Geometric parameters, partial atomic charges, non bonded interaction for naturally occurring amino acid. J. Phys. Chem., 1975, vol. 79, pp. 2361-2381. Momany F., McGuire R., Burgess A., Scheraga H. Energy parameters in polypeptides. Geometric parameters, partial atomic charges, non bonded interaction for naturally occurring amino acid. J. Phys. Chem., 1975, vol. 79, pp. 2361-2381. Popov E.M. Quantative approach to conformations. Int. J. Quantum Chem., 1979, vol. 16, pp. 707-737. Popov E.M. Quantative approach to conformations. Int. J. Quantum Chem., 1979, vol. 16, pp. 707-737. IUPAC-IUB Quantity. Units and Symbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications, Oxford. 1988, vol. 39, 233 p. IUPAC-IUB Quantity. Units and Symbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications, Oxford. 1988, vol. 39, 233 p. Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godjaev N.M The program for semiempirical calculation of conformations of the molecular complexes. Russ. J. Struct. Khim., 1983, vol. 24, pp. 147-148. Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godjaev N.M The program for semiempirical calculation of conformations of the molecular complexes. Russ. J. Struct. Khim., 1983, vol. 24, pp. 147-148. Agaeva G.A., Agaeva U.T., Godjaev N.M The spatial organization of human hemokinin-1 and mouse/rat hemokinin-1 molecules. Russ. Biophysics, 2015, vol. 60, pp. 365-377. Agaeva G.A., Agaeva U.T., Godjaev N.M The spatial organization of human hemokinin-1 and mouse/rat hemokinin-1 molecules. Russ. Biophysics, 2015, vol. 60, pp. 365-377.