Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ И ХИМИИ 2499-9962 54357 Общая биофизика General biophysics Общая биофизика COMPARATIVE ANALYSIS OF PREDICTION MODELS OF CHEMICAL SHIFTS OF NON-EXCHANGING PROTONS OF DEOXYOLIGONUCLEOTIDES СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ПРОГНОСТИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ РАСЧЕТА ХИМИЧЕСКИХ СДВИГОВ НЕОБМЕНИВАЮЩИХСЯ ПРОТОНОВ ДЕЗОКСИОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ Завьялова О С Zavyalova O S zavyalova.os@mail.ru Севастопольский государственный университет ru Sevastopol State University ru 25 12 2018 25 12 2018 3 4 734 737 20 12 2018 20 12 2018 https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54357/view

Проведен сравнительный анализ значений химических сдвигов необменивающихся протонов дезоксиолигонуклеотидов, рассчитанных по двум прогностическим моделям. Методы прогнозирования основаны на использовании эталонных значений химических сдвигов и поправочных коэффициентах, учитывающих влияние «ближайших соседей» в нуклеотидной цепи. Анализ проводился для дезоксигептануклеотида 5’-d(GCGААGC), образующего шпилечную структуру в растворе. Теоретические модели показали достаточно высокую точность для значений химических сдвигов протонов оснований, находящихся в стебле шпильки и соответствующих канонической двухспиральной форме.

Analysis of the chemical shifts of exchange protons of deoxyoligonucleotides has been made using two predictive models. The prediction methods are based on sets of published reference chemical shift values and correction factors, which account for shielding or deshielding effects from neighboring nucleotides. The analysis has been made for deoxyheptanucleotide 5'-d (GCGAAGC) forming a hairpin in solution. Theoretical models have shown high accuracy for the values of chemical shifts of protons for double helical B-DNA.

 ЯМР химический сдвиг нуклеотид триплет шпилька HMR chemical shift nucleotide triplet hairpin

Altona C., Faber D.H., Westra Hoekzema A.J.A. Double-helical DNA 1H chemical shifts: an accurate and balanced predictive empirical scheme. Magn. Reson. Chem., 2000, vol. 38, pp. 95-107. Altona C., Faber D.H., Westra Hoekzema A.J.A. Double-helical DNA 1H chemical shifts: an accurate and balanced predictive empirical scheme. Magn. Reson. Chem., 2000, vol. 38, pp. 95-107. Lam S.L. DSHIFT: a web server for predicting DNA chemical shifts. Nucleic Acids Res., 2007, no. 35, pp. 713-717. Lam S.L. DSHIFT: a web server for predicting DNA chemical shifts. Nucleic Acids Res., 2007, no. 35, pp. 713-717. Lam S.L., Cui X., Ho C.N. Random coil proton chemical shifts of deoxyribonucleic acids. J. Biomol. NMR, 2002, no. 24 (4), pp. 329-337. Lam S.L., Cui X., Ho C.N. Random coil proton chemical shifts of deoxyribonucleic acids. J. Biomol. NMR, 2002, no. 24 (4), pp. 329-337. Веселков А.Н., Пахомов В.И., Итон Р., Дэвис Д. ЯМР-исследование самоассоциации молекул дезоксигептануклеотида 5’-d(GCGААGC) в водном растворе. Биофизика, 2000, т. 45, с. 20-26. [Veselkov A.N., Pahomov V.I., Iton R., Daviеs D. NMR study of the self-association of the deoxyheptanucleotide 5'-d (GCGAAGC) molecules in an aqueous solution. Biophysics, 2000, vol. 45, pp. 20-26. (In Russ.)] Veselkov A.N., Pahomov V.I., Iton R., Devis D. YaMR-issledovanie samoassociacii molekul dezoksigeptanukleotida 5’-d(GCGAAGC) v vodnom rastvore. Biofizika, 2000, t. 45, s. 20-26. [Veselkov A.N., Pahomov V.I., Iton R., Davies D. NMR study of the self-association of the deoxyheptanucleotide 5'-d (GCGAAGC) molecules in an aqueous solution. Biophysics, 2000, vol. 45, pp. 20-26. (In Russ.)] Эсбенсен К. Анализ многомерных данных. Черноголовка: ИПХФ РАН, 2005, 160 с. [Esensen K.H., Multivariate Data Analysis. Chernogolovka: IPCP RAS, 2005, 160 p. (In Russ.)] Esbensen K. Analiz mnogomernyh dannyh. Chernogolovka: IPHF RAN, 2005, 160 s. [Esensen K.H., Multivariate Data Analysis. Chernogolovka: IPCP RAS, 2005, 160 p. (In Russ.)]