<!DOCTYPE article
PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.4 20190208//EN"
       "JATS-journalpublishing1.dtd">
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" article-type="research-article" dtd-version="1.4" xml:lang="en">
 <front>
  <journal-meta>
   <journal-id journal-id-type="publisher-id">Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty</journal-id>
   <journal-title-group>
    <journal-title xml:lang="en">Russian Journal of Biological Physics and Chemisrty</journal-title>
    <trans-title-group xml:lang="ru">
     <trans-title>АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ И ХИМИИ</trans-title>
    </trans-title-group>
   </journal-title-group>
   <issn publication-format="print">2499-9962</issn>
  </journal-meta>
  <article-meta>
   <article-id pub-id-type="publisher-id">54447</article-id>
   <article-categories>
    <subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru">
     <subject>Моделирование в биофизике</subject>
    </subj-group>
    <subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en">
     <subject>Modelling in biophycis</subject>
    </subj-group>
    <subj-group>
     <subject>Моделирование в биофизике</subject>
    </subj-group>
   </article-categories>
   <title-group>
    <article-title xml:lang="en">MATHEMATICAL MODEL OF THE FORMATION OF CLUSTERS OF RECEPTORS OF ARBITRARY SIZE</article-title>
    <trans-title-group xml:lang="ru">
     <trans-title>МАТЕМАТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ ОБРАЗОВАНИЯ КЛАСТЕРОВ РЕЦЕПТОРОВ ПРОИЗВОЛЬНОГО РАЗМЕРА</trans-title>
    </trans-title-group>
   </title-group>
   <contrib-group content-type="authors">
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Гарсон Дасгупта</surname>
       <given-names>А К</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Garzon Dasgupta</surname>
       <given-names>A K</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <email>andreigarzondk@gmail.com</email>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-1"/>
    </contrib>
    <contrib contrib-type="author">
     <name-alternatives>
      <name xml:lang="ru">
       <surname>Свешникова</surname>
       <given-names>А Н</given-names>
      </name>
      <name xml:lang="en">
       <surname>Sveshnikova</surname>
       <given-names>A N</given-names>
      </name>
     </name-alternatives>
     <xref ref-type="aff" rid="aff-2"/>
    </contrib>
   </contrib-group>
   <aff-alternatives id="aff-1">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">Lomonosov Moscow State University</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <aff-alternatives id="aff-2">
    <aff>
     <institution xml:lang="ru">Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
    <aff>
     <institution xml:lang="en">Lomonosov Moscow State University</institution>
     <country>ru</country>
    </aff>
   </aff-alternatives>
   <pub-date publication-format="print" date-type="pub" iso-8601-date="2019-09-25T20:22:29+03:00">
    <day>25</day>
    <month>09</month>
    <year>2019</year>
   </pub-date>
   <pub-date publication-format="electronic" date-type="pub" iso-8601-date="2019-09-25T20:22:29+03:00">
    <day>25</day>
    <month>09</month>
    <year>2019</year>
   </pub-date>
   <volume>4</volume>
   <issue>3</issue>
   <fpage>374</fpage>
   <lpage>377</lpage>
   <history>
    <date date-type="received" iso-8601-date="2019-09-20T20:22:29+03:00">
     <day>20</day>
     <month>09</month>
     <year>2019</year>
    </date>
    <date date-type="accepted" iso-8601-date="2019-09-20T20:22:29+03:00">
     <day>20</day>
     <month>09</month>
     <year>2019</year>
    </date>
   </history>
   <self-uri xlink:href="https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54447/view">https://rusjbpc.ru/en/nauka/article/54447/view</self-uri>
   <abstract xml:lang="ru">
    <p>Процесс кластеризации рецепторов при связывании с лигандом играет важную роль в процессе ответа клетки на сигнал и может быть связан как с активацией внутриклеточных процессов, так и с конформационными перестройками в молекуле рецептора, что приводит к изменению аффинности молекул рецепторов друг к другу. Повышение локальной концентрации рецепторов влияет на связывание лиганда и, как следствие, на весь дальнейший сигнальный путь. Так как кинетика кластеризации рецепторов управляет скоростью ответа клетки на активатор, необходимо провести теоретическое исследование возможных механизмов этого процесса. В работе исследуется процесс кластеризации рецепторов в наиболее общем случае. Были построены компьютерные модели разной сложности, отражающие гипотезу о изменении аффинности рецепторов друг к другу при связывании с лигандом. Валидация компьютерной модели проводилась по опубликованным данными о кластеризации рецепторов GPVI на поверхности тромбоцита [1]. В работе показано, что кластеризация приводит к такому стационарному распределению кластеров, которое обеспечивает их максимальную локальную концентрацию. Так же было показано, что упрощенная модель позволяет описать процесс без потери точности, что дает возможность использования её в более сложных моделях.</p>
   </abstract>
   <trans-abstract xml:lang="en">
    <p>The process of receptor clustering upon binding to the ligand plays an important role in the process of cell response to the signal, which can be associated with the activation of intracellular processes, as well as with conformational rearrangements in the receptor, which lead to a change in the affinity of the receptor molecules to each other. Increasing the level of local reception affects ligand binding. The process of receptor clustering controls the rate of cell response to the activator. The aim of this work is to study the clustering of receptors in the most general case. Computer models of varying complexity were constructed, reflecting the hypothesis of a change in receptor affinity for each other when linked to a ligand. Validation of computer models was carried out according to published data on the clustering of GPVI receptors on the platelet surface. As a result of the work, it was shown that the stationary state in the system can be either trivial or the state of maximum clustering, when most of the receptors are in clusters of the largest size. The simplified model describes the process without loss of accuracy, that allows to use it in more complex models.</p>
   </trans-abstract>
   <kwd-group xml:lang="ru">
    <kwd>кластеризация</kwd>
    <kwd>рецепторы</kwd>
    <kwd>математическое моделирование</kwd>
   </kwd-group>
   <kwd-group xml:lang="en">
    <kwd>clustering</kwd>
    <kwd>receptor</kwd>
    <kwd>mathematical modelling</kwd>
   </kwd-group>
  </article-meta>
 </front>
 <body>
  <p></p>
 </body>
 <back>
  <ref-list>
   <ref id="B1">
    <label>1.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              Poulter N.S., Pollitt A.Y., Owen D.M., Gardiner E.E., Andrews R.K., Shimizu H., Jung S.M. Clustering of glycoprotein VI (GPVI) dimers upon adhesion to collagen as a mechanism to regulate GPVI signaling in platelets. Journal of Thrombosis and Haemostasis, 2017, vol. 15, no. 3, pp. 549-564. DOI: 10.1111/jth.13613.
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              Poulter N.S., Pollitt A.Y., Owen D.M., Gardiner E.E., Andrews R.K., Shimizu H., Jung S.M. Clustering of glycoprotein VI (GPVI) dimers upon adhesion to collagen as a mechanism to regulate GPVI signaling in platelets. Journal of Thrombosis and Haemostasis, 2017, vol. 15, no. 3, pp. 549-564. DOI: 10.1111/jth.13613.
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B2">
    <label>2.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              Odriozola G., Schmitt A., Callejas-Fernández J., Martínez-García R., Leone R., Hidalgo-Álvarez R. Simulated reversible aggregation processes for different interparticle potentials: The cluster aging phenomenon. Journal of Physical Chemistry B, 2003, vol. 107, no. 10, pp. 2180-2188. DOI: 10.1021/jp0262160.
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              Odriozola G., Schmitt A., Callejas-Fernández J., Martínez-García R., Leone R., Hidalgo-Álvarez R. Simulated reversible aggregation processes for different interparticle potentials: The cluster aging phenomenon. Journal of Physical Chemistry B, 2003, vol. 107, no. 10, pp. 2180-2188. DOI: 10.1021/jp0262160.
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B3">
    <label>3.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              Lahiri S., Wang Y., Esposito M., Lacoste D. Kinetics and thermodynamics of reversible polymerization in closed systems. New Journal of Physics, 2015, vol. 17, no. 8. DOI: 10.1088/1367-2630/17/8/085008.
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              Lahiri S., Wang Y., Esposito M., Lacoste D. Kinetics and thermodynamics of reversible polymerization in closed systems. New Journal of Physics, 2015, vol. 17, no. 8. DOI: 10.1088/1367-2630/17/8/085008.
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
   <ref id="B4">
    <label>4.</label>
    <citation-alternatives>
     <mixed-citation xml:lang="ru">
            
              Choquet D., Triller A. The role of receptor diffusion in the organization of the postsynaptic membrane. Nature Reviews Neuroscience, 2003, vol. 4, no. 4, pp. 251-265. DOI: 10.1038/nrn1077.
            
          </mixed-citation>
     <mixed-citation xml:lang="en">
            
              Choquet D., Triller A. The role of receptor diffusion in the organization of the postsynaptic membrane. Nature Reviews Neuroscience, 2003, vol. 4, no. 4, pp. 251-265. DOI: 10.1038/nrn1077.
            
          </mixed-citation>
    </citation-alternatives>
   </ref>
  </ref-list>
 </back>
</article>
