На основе трехмерных структур нативного пенициллопепсина и его ингибиторных комплексов выбрана модель активного центра пенициллопепсина. В модели активного центра конформационная свобода вращения была дана только боковым цепям остатков Asp33, Tyr75 и Asp213. Рассмотрены три возможных электронных состояния боковых цепей Asp33 и Asp213 и связанной с ними молекулы воды. Методом теоретического конформационного анализа изучены конформационные аспекты взаимодействия пенициллопепсина с дипептидами Leu-Trp и Trp-Ile. Показано, что продуктивные невалентные комплексы пенициллопепсина с субстратами низкоэнергетичны. Внутри - и межмолекулярные взаимодействия у молекул фермента и субстратов согласованы и не приводят к стерической деформации расщепляемой связи. Анализ возможных ориентаций гидролизируемой пептидной связи и нуклеофильной молекулы воды относительно остатков Asp 33, Tyr 75 и Asp213 пенициллопепсина выявил роль этих остатков в процессе катализа.
пенициллопепсин, невалентные комплексы, конформационный анализ
1. Попов Е.М. Структурно-функциональная организация белков. М: Наука, 1992, 358 с. [Popov E.M. Structural-functional organization of proteins. Moscow: Nauka, 1992, 358 p. (In Russ.)]
2. James M.N.G., Sielecki A.R. Structure and refinement of penicillopepsin at 1.8 Ǻ resolution. J. Mol. Biol., 1983, vol. 163, pp. 299-361
3. James M.N.G., Sielecki A.R., Hofmann T. X-ray diffraction studies on penicillopepsin and its complexes. The hidrolitic mechanism. In Aspartic proteinases and their inhibitors (ed. V. Kostka). Walter de Gruyter, Berlin, 1985, pp. 163-177.
4. Andreeva N.S., Rumsh L.D. Analysis of crystal structures of aspartic proteinases: On the role of amin acid residues adjacent to the catalytic site of pepsin-like enzymes. Protein Science, 2001, vol. 10, pp. 2439-2450.
5. Алиев Р. Конформационнаые возможности аминокислотных остатков субстратсвязывающей полости пенициллопепсина. J. of Qafqaz University, 2004, № 14, pp. 115-119. [Aliyev R. Conformational possibilities of the aminoacide residues of the substrate binding cavity of the penicillopepsine. J. of Qafqaz University, 2004, no. 14, pp. 115-119. (In Russ.)]
6. Антонов В.К. Химия протеолиза. М: Наука, 1991, 504 с. [Antonov V.K. Chemistry of proteolysis. Moscow: Nauka, 1991, 504 p. (In Russ.)]
7. IUPAC - IUB. Commision on Biochemical Nomenclature. Biochem. Biophys. Acta, 1971, vol. 229, pp. 1-17.
8. Алиев Р.Э. Конформационные аспекты взаимодействия пенициллопепсина с метиламидом N-ацетил-L- аланином. Вестник Бакинского Университета, серия физ-мат. наук, 2011, № 4, c. 132-137. [Aliyev R.E. Conformational aspects of interaction between penicillopepsine and N-acetil-L-alanine metylamide. News of Baku University, series of physic-mathematicl sciences, 2011, no. 4, pp.132-137 (In Russ.)]
9. Алиев Р.Э., Кадымова Ф.А. Теоретический конформационный анализ невалентного комплекса пенициллопепсина с метиламидом N-ацетил-L-фенилаланил-L-фенилаланином. Вестник Бакинского университета, серия физ-мат. наук, 2013, № 4, c. 172-180. [Aliyev R.E., Gadimov F.A. Theoretical conformational analysis of non-valent complex of penicillopepsine with N-acetil-L-phenylalanine metylamide. News of Baku University, series of physico-mathematical sciences, 2013, no. 4, pp. 172-180 (In Russ.)]
10. Алиев Р.Э. Теоретический конформационный анализ невалентных комплексовпенициллопепсинас модельными субстратами. Вестник Бакинского университета, серия физ-мат. наук, 2014, № 3, с. 149-155. [Aliyev R.E. Theoretical conformational analysis of non-valent complex of penicillopepsine with model substrates. News of Baku University, series of physico-mathematical sciences, 2014, no. 3, pp. 149-155 (In Russ.)]
