Одной из актуальных проблем в современной науке является поиск и целенаправленный синтез соединений, используемых для регуляции численности вредителей сельскохозяйственных культур. К числу таких соединений относятся молекулы Leu-галлатостатин-4, дростатин-3, шистостатин-6 и аллатостатин-4, которые принадлежат семейству аллатостатинов и играют ключевую роль в регуляции процессов синтеза и выделения ювенильных гормонов у различных видов насекомых, в частности, Calliphora Vomitoria, Drosophilla melanogaster, Shistostocerca gregaria. Важную роль в реализации функций аллатостатинов играют их конформационные свойства и трехмерная пространственная организация, изучение которых необходимо для понимания механизмов функционирования этих соединений на молекулярном уровне. В данной работе методами теоретического конформационного анализа и молекулярной динамики и на основе поэтапного подхода, проведено исследование пространственной структуры, конформационных свойств и подвижность боковых цепей этих соединений.
нейропептиды, структура, конформационный анализ, молекулярная динамика
1. Lenz C., Williamson M. et al. Molecular cloning and genomic organization of a second probable allatostatin receptor from Drosophila melanogaster. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2000, vol. 273, no. 2, pp. 571-577.
2. Hewes R.S., Taghert P.H. Neuropeptides and Neuropeptide Receptors in the Drosophila melanogaster Genome. Genome Res., 2001, vol. 11, no. 6, pp. 1126-1142.
3. Audsley N., Weaver R.J. et al. Juvenile hormone biosynthesis by corpora allata of larval tomato moth, Lacanobia oleracea, and regulation by Manduca sexta allatostatin and allatotropin. Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2000, vol. 30, no. 8-9, pp. 681-689.
4. Momany F.A., McGuire R.F., Burgess A.W., Scheraga H.A. Energy parameters in polypeptides: Geometric parameters, partial atomic charges, nonbonded interaction for naturally occuring amino acid. Phys. Chem., 1975, vol. 79, pp. 2361-2381.
5. Mills I., et al. IUPAC-IUB Quantity, Units and Symbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications, Oxford, 1988, vol. 39.
6. Balabaev N.K., Lemak A.S. Molecular dynamics simulation of ferredoxin in different electronic states. Laser Spectroscopy of Biomolecules, E.I. Korppi-Tommola, Ed., Proc. SPIE 1921, 1993, pp. 375-385.
7. Brooks B.R., Bruccoleri R.E., Olafson B.D., States D.J., Swaminathan S., Karplus M. CHARMM: A program for macromolecular energy minimization, and dynamics calculations. J.Comput.Chemistry, 1983, vol. 4, no. 2, pp. 187-217.
8. Maksumov I.S., Ismailova L.I., Gojayev N.M. Program for semiempirical calculation of conformations of molecular complexes on a computer. Journal of Structural Chemistry, 1983, vol. 24, no. 4, pp.147-148.
