Несмотря на большое количество публикаций, посвященных нелинейной динамике ДНК, и, в частности, изучению особенностей движения кинков в неоднородных последовательностях, многие задачи в этой области остаются нерешенными. Среди них задача о движении кинков в последовательности кольцевой ДНК - плазмиды pBR322. В настоящей работе эта задача исследуется методами математического моделирования. Для имитации движения кинков используется уравнение МакЛафлина-Скотта, а решение этого уравнения находится с помощью блочного метода. Результаты расчета представлены в виде траекторий движения в 3D пространстве.
нелинейная динамика неоднородной ДНК, уравнение МакЛафлина-Скотта, кинки, блочный метод, 3D траектории, плазмида
1. Алейникова Т.Л. Биохимия. М.: ГЭОТАР-МЕД, ред. Е.С. Северин, 2003, 779 с. [Aleynikova T.L. Biochemistry. Moscow: GEOTAR-MED, ed. E.S. Severin, 2003, 779 p. (In Russ.)]
2. GenBank: URL: ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/J01749.1
3. Watson N.A new revision of the sequence of plasmid pBR322. Gene, 1988, vol. 70, pp. 399-403.
4. McLaughlin D.W., Scott A.C. Perturbation analysis of fuxon dynamics. Phys. Rev. A, 1978, vol. 18, p. 1652.
5. Grinevich A.A., Ryasik A.A., Yakushevich L.V. Trajectories of DNA bubbles. Chaos, Solitons & Fractals, 2015, vol. 75, pp. 62-75.
6. Yakushevich L.V., Krasnobaeva L.A. Effects of dissipation and external fields on the dynamics of conformational distortions in DNA. Biophysics, 2007, vol. 52, pp. 237-243.
7. Yakushevich L.V., Grinevich A.A., Ryasik A.A. Simulation of a kink movement in homogeneous and heterogeneous DNA. RJNAMM, 2014, vol. 29, pp.197-204.
