Семейство термостабильных Sm-подобных олигомерных белков является чрезвычайно привлекательным объектом для белковой инженерии. Ранее нами была показана возможность их использования как носителя для снижения агрегационной способности и повышения термостабильности амилоидогенных пептидов. Для дальнейшей работы нам необходимо найти структурные основы стабильности и специфичности олигомеризации этих белков. Для поиска основ специфичности мы предложили новый подход. Первый шаг состоит в поиске среди разнообразных Sm-подобных белков таких пар, которые могут образовывать гетероолигомеры. В данной работе описан подход, разработанный нами для достижения этой цели. Полученный экспериментальный результат позволит нам перейти ко второму шагу - теоретическому анализу структур белков и выявлению структурных особенностей, определяющих межсубъединичное взаимодействие в олигомере.
белковая инженерия, Sm-подобные белки, сворачивание белков, олигомеризация, специфичность взаимодействия
1. Achsel T., Brahms H., Kastner B., Bachi A., Wilm M., Lührmann R.A doughnut-shaped heteromer of human Sm-like proteins binds to the 3￠-end of U6 snRNA, thereby facilitating U4/U6 duplex formation in vitro. EMBO J., 1999, vol. 18, pp. 5789-5802.
2. Мурина В.Н, Никулин А.Д. РНК-связывающие Sm-подобные белки бактерий и архей: сходство и различия структур и функций. Успехи биологической химии, 2011, т. 51, с. 133-164. [Murina V.N, Nikulin A.D. RNA-binding bacterial and archaeous Sm-like proteins, commons and differs of structure and functions. Bio. Che. Succ., 2011, vol. 51, pp. 133-164. (In Russ.)]
3. Toro I., Basquin J., Teo-Dreher H., Suck D. Archaeal Sm proteins form heptameric and hexameric complexes: crystal structures of the Sm1 and Sm2 proteins from the hyperthermophile Archaeoglobus fulgidus. J. Mol. Biol., 2002, vol. 320, pp. 129-42.; DOI: https://doi.org/10.1016/S0022-2836(02)00406-0; EDN: https://elibrary.ru/YKSCWG
4. Zhang A., Wassarman K.M., Ortega J., Steven A.C, Storz G. The Sm-like Hfq protein increases OxyS RNA interaction with target mRNAs. Molecular cell., 2002, vol. 9, pp. 11-22.
5. Seraphin B. Sm and Sm-like proteins belong to a large family: identification of proteins of the U6 as well as the U1, U2, U4 and U5 snRNPs. EMBO J., 1995, vol. 14, pp. 2089-2098.
6. Link T.M., Valentin-Hansen P., Brennan R.G. Structure of Escherichia coli Hfq bound to polyriboadenylate RNA. Proc. Natl. Acad. Sci., 2009, vol. 106, pp. 19292-19297.
7. Nikulin A., Stolboushkina E., Perederina A., Vassilieva I., Blaesi U., Moll I., Kachalova G., Yokoyama S., Vassylyev D., Garber M., Nikonov S. Structure of Pseudomonas aeruginosa Hfq protein. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr., 2005, vol. 61, pp. 141-146.
8. Brennan R.G., Link T.M. Hfq structure, function and ligand binding. Curr Opin Microbiol., 2007, vol. 10, pp. 125-133.; DOI: https://doi.org/10.1016/j.mib.2007.03.015; EDN: https://elibrary.ru/MLRMLL
9. Мурина В.Н, Мельник Б.С., Филимонов В.В., Улайн М., Вейсс М.С., Мюллер У., Никулин А.Д. Влияние замен консервативных аминокислотных остатков на структуру и стабильность белка Hfq. Биохимия, 2014, т. 79, вып. 5, c. 595-604. [Murina V.N., Melnik B.S., Filimonov V.V., Ulane M., Vase M.S., Muller U., Nikulin A.D. Influence of conservative aminoacids changes on the structure and stability of Hfq protein. Biochemistry, 2014, vol. 79, iss. 5, pp.595-604. (In Russ.)]; EDN: https://elibrary.ru/SEMDCP
10. Moskaleva O., Melnik B., Gabdulkhakov A., Garber M., Nikonov S., Stolboushkina E., Nikulin A. The structures of mutant forms of Hfq from Pseudomonas aeruginosa reveal the importance of the conserved His57 for the protein hexamer organization. Structural Biology and Crystallization Communication, 2010, vol. 66, рр. 760-764.
