К регуляторным пептидам относится семейство глипролинов - коротких пептидов, аминокислотные последовательности которых содержат остатки глицина и пролина. В настоящее время механизмы действия глипролинов и их мишени мало изучены. Важной задачей также является создание синтетических аналогов глипролинов, молекулы которых отличаются высокой стабильностью и эффективностью. Актуальным представляется проведение структурно-функциональных исследований глипролинов и их синтетических аналогов на модельных системах с помощью теоретических методов исследования. С помощью метода молекулярной механики было определено пространственное строение и конформационные свойства глипролиновой пентапептидной молекулы Thr-Lys-Pro-Gly-Pro. Потенциальная энергия молекулы оценивалась как сумма невалентных, электростатических, торсионных взаимодействий и энергии водородных связей. Найдены 7 низкоэнергетических конформаций для глипролинового пентапептида, значения двугранных углов основной и боковых цепей, оценена энергия внутри- и межостаточных взаимодействий. Расчет показал, что низкоэнергетическими для пентапептида являются полусвернутые формы основной цепи. Боковые цепи аминокислот Thr и Lys в низкоэнергетических конформациях осуществляют эффективные взаимодействия и являются конформационно лабильными аминокислотами, они сближают участки основной цепи и боковые цепи аминокислот, входящих в пентапептид.
пентапептид, конформация, молекула, пространственная структура
1. Мартынова К.В., Андреева Л.А., Климова П.А. и др. Структурно-функциональные исследования глицин и пролин содержащих пертидов, являющихся нейропротекторами. Биоорг. хим., 2009, т. 35, № 2, с. 165-171. [Martinova K.V., Andreeva L.A., Klimova P.A. et al. Structure-functional investigation of the glysin and prolin containing peptides, which are neyroprotectors, Bioorg. chim., 2009, vol. 35, no. 2, pp. 165-171. (In Russ.)]
2. Falalyeyeva T.M., Samonina G.E., Beregovaya T.V. [et. al] Effects of glyprolines PGP, PG and GP on homeostasis of gastric mucosa in rats with experimental ethanol-induced gastric ulcers. Bull. Exp. Biol. Med., 2010, vol. 149, no. 6, pp. 699-701.
3. Попов Е.М. Белки и пептиды. М.: Наука, 1995, 442 c. [Popov E.M. Proteins and peptides. Moscow: Science, 1995, 442 p.]
4. IUPAC-IUB Quantity, Units and Symbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications, Oxford, 1988. vol. 39.
5. Максумов И.С., Исмаилова Л.И., Годжаев Н.М. Программа полуэмпирического расчета конформаций молекулярных комплексов на ЭВМ. Журнал структурной химии, 1983, т. 24, № 4, с. 147-148. [Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godjayev N.M. Program of the semi-empirical calculation of the conformations of the molecular complexes on the IBM. Journal of structural chemistry, 1983, vol. 24, no. 4, pp. 147-148]
6. Ismailova L.I., Abbasli R.M., Akhmedov N.A. Use of Informational Technologies in Study of the spatial structure of glyprolines. AICT 2012, VI International Conference Application of Information and Communication Technologies, Tbilisi, Georgia, 2012, pp. 389-392.
