Семейство глипролинов - коротких пептидов, аминокислотные последовательности которых содержат остатки глицина и пролина относится к регуляторным пептидам. В настоящее время их механизмы действия мало изучены. Важной задачей также является создание синтетических аналогов глипролинов, молекулы которых отличаются высокой стабильностью и эффективностью. Актуальным представляется проведение структурно-функциональных исследований глипролинов и их синтетических аналогов на модельных системах с помощью теоретических методов исследования. С помощью метода теоретического конформационного анализа было исследовано пространственное строение и конформационные возможности природной молекулы Pro-Gly-Pro-Gly и его аналогов Pro-Gly-Pro-Arg, Pro-Gly-Pro-Leu, Pro-Gly-Pro-Val и Pro-Gly-Pro-Phe. Эти молекулы участвуют в жизненно важных процессах в живых организмах и используются в качестве лекарственных препаратов. Потенциальная энергия каждой из этих молекул рассматривалась как сумма невалентных, электростатических, торсионных взаимодействий и энергии водородных связей. Найдены низкоэнергетические конформации тетрапептидных молекул, значения двугранных углов основной и боковых цепей, оценена энергия внутри- и межостаточных взаимодействий. Расчет показал, что низкоэнергетическими для данных молекул являются свернутые и полусвернутыеформы основной цепи. Такие формы сближают участки основной цепи и боковые цепи аминокислот, входящих в эти молекулы, и приводят к их эффективным взаимодействиям.
конформация, пептид, пространственная структура, молекула
1. Мартынова К.В., Андреева Л.А., Климова П.А. и др. Структурно-функциональные исследования глицин и пролин содержащих пертидов, являющихся нейропротекторами. Биоорг. хим., 2009, т. 35, № 2, с. 165-171. @@[Martinova K.V., Andreeva L.A., Klimova P.A. et al. Structure-functional investigation of the glysin and prolin containing peptides, which are neyroprotectors. Bioorg.chim., 2009, vol. 35, no. 2, pp. 165-171. (In Russ.)]
2. Falalyeyeva T.M., Samonina G.E., Beregovaya T.V. et al. Effects of glyprolines PGP, PG and GP on homeostasis of gastric mucosa in rats with experimental ethanol-induced gastric ulcers. Bull Exp Biol Med, 2010, vol. 149, no. 6, pp. 699-701.
3. Попов Е.М. Белки и пептиды. М.: Наука, 1995, с. 49-52. @@[Popov E.M. Proteins and peptides. Moscow: Science, 1995, pp. 49-52. (In Russ.)]
4. IUPAC-IUB, Quantity, Units and Symbols in Physical Chemistry, 1988, vol. 39, Blackwell Scientific Publications, Oxford.
5. Максумов И.С., Исмаилова Л.И., Годжаев Н.М. Программа полуэмпирического расчета конформаций молекулярных комплексов на ЭВМ. Журнал структурной химии, 1983, т. 24, № 4, с. 147-148. @@[Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godjayev N.M. Program of the semi-empirical calculation of the conformations of the molecular complexes on the IBM. Journal of structural chemistry, 1983, vol. 24, no. 4. pp. 147-148. (In Russ.)]
6. Ismailova L.I., Abbasli R.M., Akhmedov N.A. Use of Informational Technologies in Study of the spatial structure of glyprolines, AICT 2012, VI International Conference “Application of Information and Communication Technologies”, Tbilisi, Georgia, 2012, pp. 389-392.
7. Akhmedov N.A., Ismailova L.I., Abbasli R.M., Agayeva L.N., Akhmedova S.R. Spatial structure of Octarphin Molecule. IOSR Journal of Applied Physics, 2016, vol. 8, pp. 66-70.
8. Ismailova L.I., Abbasli R.M., Akhmedov N.A. Use of Informational Technologies in Study of the spatial structure of glyprolines, AICT 2012, VI International Conference ”Application of Information and Communication Technologies”, Tbilisi, Georgia, 2012, pp.389-392.
9. Akhmedov N.A., Gadjieva Sh.N., Abbasli R.M. Structural organization of Asp-Pro- Lys-Gln-Asp-Phe-Met-Arg-Phe-NH2 molecule. Current Topics in Peptide Protein Research, 2009, vol. 10, pp. 57-62.
10. Akhmedov N.A., Ismailova L.I., Agayeva L.N., Godjaev N.M. The spatial structure of the cardio active peptides. Current Topics in Peptide Protein Research, 2010, vol. 11, pp. 87-93.
