Специфические комплексы гомеодоменов с ДНК образуются при связывании белка с двуспиральной ДНК в B-форме (по широкому желобу). Классификация комплексов белок-ДНК и их интерфейсов по физико-химическим, геометрическим параметрам связана с решением ряда задач вычислительного и статистического характера. Классификация должна дать сведения о взаимосвязи комплексов друг с другом, дать возможность проследить их эволюцию и дать основу для формулировок правил узнавания и построения моделей узнавания. Для решения задач классификации необходимо составить список надлежащих дескрипторов комплексов и их интерфейсов, провести многомерный статистический анализ данных из этого списка. Мы используем геометрические параметры, 3DNA: a software package, пространственных структур ДНК в интерфейсах 75 комплексов гомеодомен-ДНК (PDB). В данной работе представлены результаты многомерного статистического анализа «диккерсоновых параметров» пар азотистых оснований ДНК в интерфейсах комплексов гомеодомен-ДНК.
гомеодомен-ДНК, «диккерсоновы параметры», интерфейс, деформация ДНК, классификация
1. Siggers T., Gordаn R. Protein-DNA binding: complexities and multi-protein codes. Nucleic Acids Research, 2014, vol. 42, no. 4, pp. 2099-2111. DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gkt1112.
2. Lu X-J, Olson W.K. 3DNA: a software package for the analysis, rebuilding and visualization of three-dimensional nucleic acid structures. Nucleic Acids Res., 2003, vol. 31, pp. 5108-5121. DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gkg680.
3. Xiang-Jun Lu, Wilma K. Olson Characterization of base pair geometry. Computational Crystallography Newsletter, 2016, vol. 7, pp. 6-9.
4. Zar J.H. Biostatistical Analysis. Upper Saddle River, N.J.: Prentice-Hall, 1999.
