Для сборки de novo транскриптома существует множество сборщиков, которые имеют различающиеся алгоритмы. В тоже время этап фильтрации, являясь одним из ключевых, также имеет несколько подходов и алгоритмов. Однако, на сегодняшний день работ по изучению влияния степени фильтрации на сборку de novo транскриптома крайне мало. В данной работе были проанализированы транскриптомы, полученные с помощью двух наиболее распространенных программ (rnaSPADES и Trinity), а также применены различные подходы к этапу фильтрации прочтений. Были показаны ключевые различия для двух сборок и выявлены параметры, которые оказались чувствительными к степени фильтрации и длине входных прочтений. Также был предложен эффективный алгоритм фильтрации, который является двухэтапным и позволяет максимально сохранить объем входных данных при необходимом качестве всех прочтений после фильтрации и обрезки.
rnaSPADES, Trinity, сборка de novo транскриптома, RNA-seq, фильтрация прочтений
1. Marinov G.K. On the design and prospects of direct RNA sequencing. Briefings in functional genomics, 2017, vol. 16, pp. 326-335.
2. Liu L., Song B., Ma J., Song Y., Zhang S.Y., Tang Y., Wu X., Wei Z., Chen K., Su J., Rong R., Lu Z., de Magalhães J.P., Rigden D.J., Zhang L., Zhang S.W., Huang Y., Lei X., Liu H., Meng J. Bioinformatics approaches for deciphering the epitranscriptome: Recent progress and emerging topics.Computational and structural biotechnology journal, 2020, vol. 18, pp. 1587-1604.
3. Fu M., Su H., Su Z., Yin Z., Jin J., Wang L., Zhang Q., Xu X. Transcriptome analysis of Corynebacterium pseudotuberculosis-infected spleen of dairy goats. Microbial pathogenesis, 2020, vol. 34, pp. 104-120.
4. Seweryn M.T., Pietrzak M., Ma Q. Application of information theoretical approaches to assess diversity and similarity in single-cell transcriptomics.Computational and structural biotechnology journal, 2020, vol. 18, pp. 1830-1837.
5. Tamames J., Cobo-Simón M., Puente-Sánchez F. Assessing the performance of different approaches for functional and taxonomic annotation of metagenomes. BMC genomics, 2019, vol. 20, pp. 960.
6. Hölzer M., Manja M. De novo transcriptome assembly: A comprehensive cross-species comparison of short-read RNA-Seq assemblers. GigaScience, 2019, vol. 8, pp. 247-260.
7. Longone P. Percolation of aligned rigid rods on two-dimensional triangular lattices. Physical review. E, 2019, vol. 100, pp. 52-64.
8. Andrews S. FastQC: A Quality Control Tool for High Throughput Sequence Data [Online], 2010. URL: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
9. Chen S. fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor. Bioinformatics, 2018, vol. 34, pp. 884-890.
10. Grabherr M.G., Haas B.J., Yassour M., Levin J.Z., Thompson D.A., Amit I., Adiconis X., Fan L., Raychowdhury R., Zeng Q., Chen Z., Mauceli E., Hacohen N., Gnirke A., Rhind N., di Palma F., Birren B.W., Nusbaum C., Lindblad-Toh K., Friedman N., Regev A. Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nat. Biotechnol, 2011, vol. 29, pp. 644-702.
11. Bushmanova E., Antipov D., Lapidus A., Prjibelski A.D. rnaSPAdes: a de novo transcriptome assembler and its application to RNA-Seq data. GigaScience, 2019, vol. 8, pp.103-147.
12. Gurevich A., Saveliev V., Vyahhi N., Tesler G. QUAST: quality assessment tool for genome assemblies. Bioinformatics, 2013, vol. 29(8), pp. 1072-1075.
13. Langmead B., Wilks C., Antonescu V., Charles R. Scaling read aligners to hundreds of threads on general-purpose processors. Bioinformatics, 2019, vol. 35, pp. 421-432.
14. Seppey M., Manni M., Zdobnov E.M. BUSCO: Assessing Genome Assembly and Annotation Completeness. Methods in Molecular Biology, 2019, vol. 6, pp.19-62.
15. Edgar R.C. Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST. Bioinformatics, 2010, vol. 26, pp. 2460-2461.
