Баку, Азербайджан
Баку, Азербайджан
Баку, Азербайджан
Тахикининовый пептид гиламбатин был выделен и химически охарактеризован из метанольных экстрактов кожи Hylambates maculatus , африканской лягушки-ракофориды. Гиламбатин состоит из двенадцати аминокислотных остатков в последовательности - DPPDPNRFYGMMамид. Он структурно отличается от всех других известных тахикининов, главным образом, наличием остатка метионина, заменяющего обычный остаток лейцина в положении 2 от C-конца. Было показано, что его C-концевая октапептидная последовательность (5-12) была такой же активной, как и сама исходная молекула. В данной работе было проведено исследование конформационных свойств молекулы гиламбатина и его фрагмента (5-12), методом молекулярной механики. В результате минимизации энергии составленных структурных вариантов были найдены низкоэнергетические конформации С-концевого октапептида (5-12) гиламбатина. Энергетически наиболее предпочтительными оказались α-спиральные конформации октапептида. Было показано, что низкоэнергетические конформации октапептида, в основном, формируют α-спираль на С-конце молекулы. Полученные конформации стабилизируются в основном энергией дисперсионных взаимодействий, т.е. в конечном счете, плотностью упаковки. Расчет показал, что самые низкоэнергетические конформации октапептида отличаются друг от друга относительной подвижностью N-концевого трипептидного участка фрагмента. Сопоставление низкоэнергетических конформаций С-концевых пентапептида, октапептида и целой молекулы гиламбатина обнаруживает некоторую преемственность энергетически предпочтительных структур. Во всех рассчитанных пептидах предпочтение отдается структурам, ведущим к удлинению α-спирали. Конформационный анализ последовательно наращиваемых C-концевых фрагментов молекулы гиламбатина выявил значительную преемственность результатов по мере увеличения длины рассматриваемой пептидной цепи. Действительно, начиная от С-концевого пентапептида и кончая додекапептидамидом, от фрагмента к фрагменту энергетически предпочтительными оказывались α-спиральные конформации.
гиламбатин, гиламбатин (5-12), octapeptide, конформация, метод молекулярной механики
1. Güllner H.G., Harris V., Yajima H., Unger R.H. Hylambatin, a structurally unique tachykinin: effects on insulin and glucagon secretion. Arch.Int. Pharmacodyn. Ther., 1984, vol. 272, no. 2, pp. 304-309.
2. Inoue A., Fukuyasu T., Nakata Y., Yajima H., Nomizu M., Inagaki Y., Asano K., Segawa T. Structure-activity relationship of hylambatin and its fragments as studied in the guinea-pig ileum. Journal of Pharmacy and Pharmacology, 1988, vol. 40, iss. 1, pp. 72-73.
3. Агаева Г.А., Агаева У.Т., Годжаев Н.М. Особенности пространственной организации молекул гемокинина-1 человека и гемокинина-1 мыши/крысы. Биофизика, 2015, т. 60, вып. 3, с. 457-470. @@Agaeva G.A., Agaeva U.T., Godzhaev N.M. Features of the spatial organization of the molecules of human hemokinin-1 and mouse / rat hemokinin-1. Biophysics, 2015, vol. 60, no. 3, pp. 457-470. (In Russ.)
4. IUPAC-IUB Commision on Biochemical Nomenclature Abbreviations and symbols for description of conformation of polypeptide chains. Pure Appl. Chem., 1974, vol. 40, pp. 291-308.
5. Максумов И.С., Исмаилова Л.И., Годжаев Н.М. Программа полуэмпирического расчета конформаций молекулярных комплексов на ЭВМ. Журнал структурной химии, 1983, т. 24, № 4, с. 147-148. @@Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godzhaev N.M. Program for semi-empirical calculation of conformations of molecular complexes on a computer. Journal of Structural Chemistry, 1983, vol. 24, no. 4, pp. 147-148. (In Russ.)
6. Schimmel P.R., Flory P.J. Conformational energies and conformational statistics of copolypepides containing L-proline. J. Mol. Biol., 1968, vol.34, pp. 105-111.
