Компьютерное моделирование помогает решить одну из основных проблем молекулярной биофизики - определить структурно-функциональную организацию пептидных молекул. Данная работа посвящена изучению пространственного строения и конформационных свойств тетрапептидной молекулы глипролинов Gly-Pro-Arg-Pro. Расчеты проводились с помощью метода теоретического конформационного анализа и специальной компьютерной программы. Сначала была найдена пространственная структура природной глипролиновой молекулы Gly-Pro-Gly-Pro, затем его аналога Gly-Pro-Arg-Pro. Эти молекулы участвуют в жизненно важных процессах в живых организмах и используются в качестве лекарственных препаратов. Потенциальная энергия каждой из этих молекул рассматривалась как сумма невалентных, электростатических, торсионных взаимодействий и энергии водородных связей. Найдены низкоэнергетические конформации тетрапептидных молекул, значения двугранных углов основной и боковых цепей, оценена энергия внутри- и межостаточных взаимодействий. Расчет показал, что низкоэнергетическими для данных молекул являются свернутые и полусвернутыеформы основной цепи. Такие формы сближают участки основной цепи и боковые цепи аминокислот, входящих в эти молекулы, и приводят к их эффективным взаимодействиям.
конформация, тетрапептид, молекула, аналог, структура
1. Falalyeyeva T.M., Samonina G.E., Beregovaya T.V. et al. Effects of glyprolines PGP, PG and GP on homeostasis of gastric mucosa in rats with experimental ethanol-induced gastric ulcers. Bull Exp Biol Med, 2010, vol. 149, № 6, pp. 699-701.
2. Мартынова К.В., Андреева Л.А., Климова П.А. и др. Структурно-функциональные исследования глицин и пролин содержащих пертидов, являющихся нейропротекторами. Биоорг.хим., 2009, том 35, № 2, с. 165-171. @@Martinova K.V., Andreeva L.A., Klimova P.A. at al. Structure-functional investigation of the glysin and prolin containing peptides, which are neyroprotectors. Bioorg.chim., 2009, vol. 35, № 2, pp. 165-171. (In Russ.)
3. Попов Е.М. Белки и пептиды. М.: Наука, 1995, c. 49-52. @@Popov E.M. Proteins and peptides. Moscow: Scenes, 1995, pp. 49-52. (In Russ.)
4. IUPAC-IUB, Quantity, Units and Symbols in Physical Chemistry, 1988. vol. 39, Blackwell Scientific Publications, Oxford.
5. Максумов И.С., Исмаилова Л.И., Годжаев Н.М. Программа полуэмпирического расчета конформаций молекулярных комплексов на ЭВМ. Журнал структурной химии, 1983, том 24, № 4, c. 147-148. @@Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godjayev N.M. Program of the semi-empirical calculation of the conformations of the molecular complexes on the IBM. Journal of structural chemistry, 1983, vol. 24, no. 4. pp. 147-148. (In Russ.)
6. Akhmedov N.A., Gadjieva Sh.N., Abbasli R.M. Structural organization of Asp-Pro- Lys-Gln-Asp-Phe-Met-Arg-Phe-NH2 molecule. Current Topics in Peptide Protein Research, 2009, vol. 10, pp. 57-62.
7. Akhmedov N.A., Ismailova L.I., Agayeva L.N., Godjaev N.M. The spatial structure of the cardio active peptides. Current Topics in Peptide Protein Research, 2010, vol. 11, pp. 87-93.
8. Ismailova L.I., Abbasli R.M., Akhmedov N.A. Use of Informational Technologies in Study of the spatial structure of glyprolines, AICT 2012, VI International Conference Application of Information and Communication Technologies, Tbilisi, Georgia, 2012, pp. 389-392.
9. Akhmedov N.A., Ismailova L.I., Abbasli R.M., Agayeva L.N., Akhmedova S.R. Spatial structure of Octarphin Molecule. IOSR Journal of Applied Physics, 2016, vol. 8, pp. 66-70.
10. Ismailova L.I., Abbasli R.M., Akhmedov N.A. Use of Informational Technologies in Study of the spatial structure of glyprolines, AICT 2012, VI International Conference Application of Information and Communication Technologies, Tbilisi, Georgia, 2012, pp. 389-392.
