Методами молекулярной динамики исследуются механизмы межмолекулярного взаимодействия, возникающего между ионами цинка и молекулами флагеллина в процессе бактериального синтеза наночастиц сульфида цинка с помощью бактерий Bacillus subtilis 168. Отличительной особенностью этого процесса является то, что единственным белком, участвующим в процессе синтеза и адсорбирующимся на поверхности частиц, является белок флагеллин. В результате анализа динамики молекулы флагеллина и образующихся в ходе взаимодействия водородных связей было обнаружено, что при температуре 300К в присутствии ионов цинка степень комплексообразования молекулы флагеллина существенно возрастает, что способствует образованию наночастиц сульфида металла.
ионы цинка, флагеллин, молекулярное моделирование, водородные связи, наноматериалы
1. Журавлева О.А., Воейкова Т.А., Хаддаж М.Х. и др. Бактериальный синтез наночастиц сульфидов кадмия и цинка. Характеристика и перспектива их применения. Молекулярная генетика, микробиология, вирусология, 2018, № 36 (4), c. 191-198. @@Zhuravleva O.A., Voeikova T.A., Khaddazh M.Kh. et al. Bacterial synthesis of cadmium and zinc sulfide nanoparticles. Characteristics and perspective of their application. Molecular Genetics, Microbiology, Virology, 2018, no. 36 (4), pp. 191-198. (In Russ.)
2. Пластун И.Л., Захаров А.А., Наумов А.А., Жулидин П.А., Филин П.Д. Спектральные проявления молекулярных механизмов образования наночастиц сульфида серебра методом бактериального синтеза. Оптика и спектроскопия, 2021, т. 129, вып. 6, c. 717-726. @@Plastun I.L., Zakharov A.A., Naumov A.A., Zhulidin P.A., Filin P.D. Spectral manifestations of molecular mechanisms of the formation of silver sulfide nanoparticles by bacterial synthesis. Optics and Spectroscopy, 2021, vol. 129, no. 6, pp. 717-726. (In Russ.)
3. Gromacs. [Электронный ресурс] Режим доступа: https://www.gromacs.org/About_Gromacs
4. Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K., Maragakis P., Klepeis J.L., Dror R.O., Shaw D.E. Improved side-chain torsion potentials for the Amber ff99SB protein force field. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2010, vol. 78, iss. 8, pp. 1950-1958.
5. RCSB Protein Data Bank. [Электронный ресурс] Режим доступа: https://www.rcsb.org/3d-view/6GOW. doihttps://doi.org/10.2210/pdb6GOW/pdb
