Севастопольский государственный университет
Воронеж, Воронежская область, Россия
Воронеж, Воронежская область, Россия
Воронеж, Воронежская область, Россия
Воронеж, Воронежская область, Россия
Воронежский государственный медицинский университет им. Н.Н. Бурденко
Воронеж, Воронежская область, Россия
Воронежский государственный медицинский университет им. Н.Н. Бурденко
Воронеж, Воронежская область, Россия
Воронеж, Воронежская область, Россия
Пространственная структура фермента во многом определяет механизм его функционирования. В частности, изменение количества, структуры и локализации внутренних полостей, туннелей и пор в молекуле энзима могут менять его термостабильность, механизм диффузии субстрата к активному центру, а также особенности взаимодействия с микроокружением. Исследованы состав, локализация и структура внутренних полостей, туннелей и пор в молекулах целлюлаз из Thermotoga maritima, связанных с различными лигандами и имеющих аминокислотные замены. Расчет параметров пор, туннелей и полостей осуществляли в программном обеспечении Mole. Выдвинуто предположение о влиянии данных модификаций на изменение структуры представленных в работе ферментов. Проанализированные в работе данные имеют значительную ценность для понимания процессов конформационных перестроек в молекулах целлюлаз из Thermotoga maritima при их связывании с различными лигандами и при наличии точечных мутаций, что может быть полезным при проектировании на основе данных белков промышленных катализаторов и изучении их физиологической роли внутри организма-продуцента.
in silico анализ, целлюлазы, молекулярный комплекс, туннели, полости, поры, изменение конформации
1. Saxena A., Ragauskas A.J. Water transmission barrier properties of biodegradable films based on cellulosic whiskers and xylan. Carbohydrate polymers, 2009, vol. 78, no. 2, pp. 357-360.
2. Dashtban M., Schraft H., Syed T.A., Qin W. Fungal biodegradation and enzymatic modification of lignin. International journal of biochemistry and molecular biology, 2010, vol. 1, no. 1, p. 36.
3. Богомолов Д.Ю., Сакибаев Ф.А., Холявка М.Г., Артюхов В.Г., Селеменев В.Ф. Изучение in silico структурных особенностей липаз из различных продуцентов. Сорбционные и хроматографические процессы, 2021, т. 21, № 4, c. 555-567.
4. Холявка М.Г., Артюхов В.Г. Иммобилизованные биологические системы: биофизические аспекты и практическое применение (учебное пособие). Воронежский государственный университет. Воронеж: Издательский дом ВГУ, 2017, 261 с.
