Владивосток, Приморский край, Россия
Владивосток, Приморский край, Россия
Владивосток, Приморский край, Россия
Владивосток, Приморский край, Россия
Владивосток, Приморский край, Россия
Владивосток, Приморский край, Россия
Данная работа посвящена исследованию взаимодействия OmpF порина Yersinia pseudotuberculosis с гидрохоридом норфлоксацина, (Nf·HCL), производным антибиотика фторхинолонового ряда. С помощью метода бислойных липидных мембран (БЛМ) было обнаружено, что молекулы водорастворимого Nf·HCL диссоциируют на ионы и, связываясь на короткое время с участками внутри канала, блокируют ионный ток через пору OmpF порина. Исследование кинетических характеристик этого процесса совместно с использованием метода молекулярного докинга позволило построить модель, объясняющую картину данного взаимодействия. Предполагается, что внутри поринового канала с разных сторон от зоны сужения, находятся два сайта связывания с ионом Nf·H+, стабилизированные преимущественно электростатическими взаимодействиями. При этом связывание с сайтом, расположенным внутри канала вблизи вестибюля, образуемого наружными петлями порина, приводит к блокировке тока, вследствие создания пространственных затруднений для движения K+ и Cl- ионов, в то время как связывание с сайтом, расположенным на выходе из канала, не препятствует прохождению тока.
порины грамотрицательных бактерий, норфлоксацин, бислойные липидные мембраны, антимикробная активность, молекулярный докинг
1. Wayne P.A. CLSI. Methods for dilution antimicrobial susceptibility tests for bacteria that grow aerobically. Approved standard-Tenth edition. CLSI Document M07-A10. Clinical and Laboratory Standards Institute, 2015.
2. The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters. Version 5.0, 2015. Studies in mycology, Baarn, 1974, vol. 6, p. 119.
3. Lomize A.L., Hage J.M., Schnitzer K., Golobokov K., LaFaive M.B., Forsyth A.C. Pogozheva I.D. PerMM: A WebTool and Database for Analysis of Passive Membrane Permeability and Translocation Pathways of Bioactive Molecules. J. Chem. Inf. Model., 2019, vol. 59, no. 7, pp. 3094-3099.
4. MolecularOperatingEnvironment (MOE), 2019.01. Chemical Computing Group ULC, 1010 Sherbooke St. West, Suite no. 910, Montreal, QC, Canada, H3A 2R7, 2021.
5. Likhatskaya G.N., Solov'eva T.F., Novikova O.D., Issaeva M.P., Gusev K.V., Kryzhko I.B., Trifonov E.V., Nurminski E.A. Homology models of the Yersinia pseudotuberculosis and Yersinia pestis general porins and comparative analysis of their functional and antigenic regions. J. Biomol. Struct. Dyn., 2005, vol. 23, no. 2, pp. 163-174, doi:https://doi.org/10.1080/07391102.2005.10507056.
6. Mahendran K.R., Hajjar E., Mach T., Lovelle M., Kumar A., Sousa I., Spiga E., Weingart H., Gameiro P., Winterhalter M., Ceccarelli M. Molecular Basis of Enrofloxacin Translocation through OmpF, an Outer Membrane Channel of Escherichia coli - When Binding Does Not Imply Translocation. J. Phys. Chem. B, 2010, vol. 114, pp. 5170-5179.
7. Clark A.M., Labute P. 2Ddepictionofprotein-ligandcomplexes. J. Chem. Inf. Model., 2007, no. 47, pp. 1933-1944.
