Баку, Азербайджан
Баку, Азербайджан
Баку, Азербайджан
Методами молекулярного моделирования были исследованы особенности пространственного и электронного строения противоопухолевого трипептида YSL (Tyr-Ser-Leu), разработанного китайскими учеными. Конформационный анализ молекулы выявил ограниченный набор ее энергетически предпочтительных конформационных состояний в определенном интервале относительной энергии. Была определена природа сил, стабилизирующих низкоэнергетические конформации молекулы трипептида. В результате исследования были также определены энергетически предпочтительные области величин двугранных углов, величины энергетических вкладов межостаточных взаимодействий и водородных связей, а также взаимное расположение остатков и их боковых цепей в низкоэнергетических конформациях трипептида. Методами молекулярной механики были получены величины энергетических вкладов внутримолекулярных взаимодействий в низкоэнергетических конформационных состояниях молекулы. На основе квантово-химических расчетов были определены распределение электронной плотности и величины дипольных моментов наиболее оптимальных пространственных структур молекулы трипептида YSL Квантово-химическими расчетами также была исследована реакционная способность трипептида на основе полученных электронных характеристик каждой низкоэнергетической конформации молекулы. Используя рассчитанные координаты атомов энергетически предпочтительных структур молекулы, были построены их молекулярные модели, сопоставление которых дает возможность выделить структурные критерии, необходимые для создания лекарственного препарата пригодного для клинического использования.
противоопухолевый агент, трипептид, конформация, метод молекулярной механики, квантово-химические расчеты
1. Wang C., Wang S., Lu R., Zhao L., Zhu Z.F., Xu Q., Lv J.Q., Wang L.L., Fu Z., Lin G., Yao Z. Effects of a novel tripeptide, tyroserleutide (YSL), on cell cycle progression of human hepatocellular carcinoma. Anticancer Drugs, 2009, vol. 20, no. 7, pp. 534-42, doi:https://doi.org/10.1097/CAD.0b013e32832ced93.
2. Wang H.Y., Yi W.J., Qin S.Y., Li C., Zhuo R.X., Zhang X.Z. Tyroserleutide-based gene vector for suppressing VEGF expression in cancer therapy. Biomaterials, 2012, vol. 33, no. 33, pp. 8685-8694, doi:https://doi.org/10.1016/j.Biomaterials.2012.08.022.
3. Fu Z., Lu R., Li G., Zhao L., Gao W., Che X., Jian X., Zhou C., Yao Z. Tyroserleutide tripeptide affects calcium homeostasis of human hepatocarcinoma BEL-7402 cells. Sci. China C Life Sci., 2005, vol. 48, no. 5, pp. 523-530.
4. Lu R., Jia J., Bao L., Fu Z., Li G., Wang S., Wang Z., Jin M., Gao W., Yao Z. Experimental study of the inhibition of human hepatocarcinoma Bel7402 cells by the tripeptide tyroserleutide(YSL). Cancer Chemother. Pharmacol., 2006, vol. 57, no. 2, pp. 248-256.
5. Ding W., Zhang J., Yao Z., Lu R., Wu D., Li G., Shen Z., Sun Y., Lin G., Wang C., Zhao M., Peng S. The synthesis, distribution, and anti-hepatic cancer activity of YSL. Bioorg Med Chem., 2004, vol. 12, no. 18, pp. 4989-4994.
6. Агаева Г.А., Агаева У.Т., Годжаев Н.М. Особенности пространственной организации молекул гемокинина-1 человека и гемокинина-1 мыши/крысы. Биофизика, 2015, т. 60, вып. 3, с. 457-470.
7. IUPAC-IUB Commision on Biochemical Nomenclature Abbreviations and symbols for description of conformation of polypeptide chains. Pure Appl. Chem., 1974, vol. 40, pp. 291-308.
8. Максумов И.С., Исмаилова Л.И., Годжаев Н.М. Программа полуэмпирического расчета конформаций молекулярных комплексов на ЭВМ. Журнал структурной химии, т. 24, № 4, 1983, с. 147-148.
9. Chem 3D Pro, “Molecular Modeling and Analysis”, Cambridge Soft Corporation, 875 Massachusetts, 02139 U.S.A (2005)
