Баку, Азербайджан
Баку, Азербайджан
Компьютерное моделирование, основанное на использование метода теоретического конформационного анализа и программ, которые позволяют получать графическое изображение пространственных структур биомолекул, было выполнено для гексапептидной молекулы – глипролина H-Phe-Gly-Gly-Phe-Gly-Pro-OH. Глипролины – это короткие пептиды, аминокислотные последовательности которых содержат остатки глицина и пролина. Механизмы их действия в настоящее время мало изучены. С помощью метода молекулярной механики было определено пространственное строение и конформационные возможности этой гексапептидной молекулы. Ее потенциальная энергия оценивалась как сумма невалентных, электростатических, торсионных взаимодействий и энергии водородных связей. Было найдено 9 низкоэнергетических структур для глипролинового гексапептида, значения двугранных углов основной и боковых цепей аминокислот, входящих в молекулу. Была оценена энергия внутри- и межостаточных взаимодействий. Расчет показал, что низкоэнергетическими для гексапептида являются свернутые формы основной цепи. В них боковые цепи аминокислот фенилаланинов и пролина, которые являются конформационно жесткими, осуществляют эффективные взаимодействия со всеми участками гексапептидной молекулы.
структура, конформация, гексапептид, молекула
1. Мартынова К.В., Андреева Л.А., Климова П.А. и др. Структурно-функциональные исследования глицин и пролин содержащих пертидов, являющихся нейропротекторами. Биоорг. хим., 2009, т. 35, № 2, с. 165-171.
2. Falalyeyeva T.M., Samonina G.E., Beregovaya T.V. et al. Effects of glyprolines PGP, PG and GP on homeostasis of gastric mucosa in rats with experimental ethanol-induced gastric ulcers. Bull Exp Biol Med, 2010, vol. 149, no. 6, pp. 699-701.
3. Рогозинская Э.Я., Ляпина Л.А., Шубина Т.А., Мясоедов Н.Ф., Григорьева М.Е., Оберган Т.Ю., Андреева Л.А. Тромбоэластографическое исследование аргининсодержащих, лейцинсодержащих и лизинсодержащих пептидов. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, 2020, т. 169, с. 716-719.
4. Wilson K.R., Cruz M.J., Nicolas C., Belau L., Leone S.R., Ahmad M. Thermal vaporization of biological nanoparticles: fragment - free vacuum ultraviolet photoionization mass spectra of tryptophan, phenylalanine-glycine-glycine and beta-carotene. J. Phys. Chem. A., 2006, vol. 110, no. 6, pp. 2106-2113.
5. Rena D., Valdes H., Vondrasek J., Hobza P. Abu-Riziq Ali, Crews Bridgit, Mattanjahs de Vries. Structure and IR spectrum of phenylalanyl-glycyl-glicine tripeptide in the gas-phass: IR/UV experiments, ab initio quantum chemical calculations, and molecular dynamic simulations. Chemistry 2005, vol. 11, no. 23, pp. 6803-6817.
6. Ivanova E.A., Sarycheva N.Yu., Dubynin V.A., Malyshev A.V. et al. Behavioral of Original Tetrapeptide an Analog of N-Terminal Nociceptin Fragment. Bulletin of Experimantal Biology and Medicine, 2012, vol. 153, no. 2, pp. 177-181.
7. Максумов И.С., Исмаилова Л.И., Годжаев Н.М. Программа полуэмпирического расчета конформаций молекулярных комплексов на ЭВМ. Журнал структурной химии, 1983, т. 24, № 4, с. 147-148.
8. IUPAC-IUB, Quantity, Units and Symbols in Physical Chemistry, Blackwell Scientific Publications, Oxford, 1988, vol. 39,
9. Akhmedov N.A., Gadjieva Sh.N., Abbasli R.M. Structural organization of Asp-Pro- Lys-Gln-Asp-Phe-Met-Arg-Phe-NH2 molecule. Current Topics in Peptide Protein Research, 2009, vol. 10, pp. 57-62.
10. Akhmedov N.A., Ismailova L.I., Agayeva L.N., Godjaev N.M. The spatial structure of the cardio active peptides. Current Topics in Peptide Protein Research, 2010, vol. 11, pp. 87-93.
11. Akhmedov N.A., Ismailova L.I., Abbasli R.M., Agayeva L.N., Akhmedova S.R. Spatial structure of Octarphin Molecule. IOSR Journal of Applied Physics, 2016, vol. 8, pp. 66-70.
12. Akhmedov N.А., Agayeva L.N., Akhmedova S.R., Abbasli R.M., Ismailova L.I. Spatial structure of the β- Casomorphin-7 Molecule. Journal of Applied Physics (IOSR-JAP), 2021, vol. 13, iss. 5, pp. 62-67.
13. Ismailova L.I., Abbasli R.M., Akhmedov N.A. Computer Modeling of the Spatial Structure of Nonapeptide Molecule. COIA, Baku, Azerbaijan, 2020, vol. I, pp. 218-221.
14. Исмаилова Л.И., Aббаслы Р.М., Ахмедов Н.А. Структурная организация молекулы Gly-Pro-Arg-Pro. Актуальные вопросы биологической физики и химии, 2021, т. 6, № 1, с. 53-56.
