In silico анализ особенностей пространственной организации молекул целлюлаз из различных продуцентов

Холявка М. Г.; Ковалева И. Ю.; Бруева М. С.; Богомолов Д. Ю.; Панкова С. М.; Королева В. А.; Артюхов В. Г.

doi:10.29039/rusjbpc.2022.0495

УДК

577

IN SILICO АНАЛИЗ ОСОБЕННОСТЕЙ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ ОРГАНИЗАЦИИ МОЛЕКУЛ ЦЕЛЛЮЛАЗ ИЗ РАЗЛИЧНЫХ ПРОДУЦЕНТОВ In silico анализ особенностей пространственной организации молекул целлюлаз из различных продуцентов

АА Аа

Опубликовано в АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ И ХИМИИ · Страницы 137–146 · Рубрика: МЕДИЦИНСКАЯ БИОФИЗИКА И БИОФИЗИЧЕСКАЯ ХИМИЯ

DOI: https://doi.org/10.29039/rusjbpc.2022.0495

Получено: 20.03.2022 Одобрено: 20.03.2022 Опубликовано: 25.03.2022

Авторы

ХО

Холявка М. Г.

КО

Ковалева И. Ю.

БР

Бруева М. С.

БО

Богомолов Д. Ю.

ПА

Панкова С. М.

КО

Королева В. А.

АР

Артюхов В. Г.

ХО

Холявка М. Г.

Воронежский государственный университет Россия · Воронеж

Севастопольский государственный университет Россия · Севастополь

КО

Ковалева И. Ю.

Воронежский государственный университет

БР

Бруева М. С.

Воронежский государственный университет

БО

Богомолов Д. Ю.

Воронежский государственный университет

ПА

Панкова С. М.

Воронежский государственный университет

Воронежский государственный медицинский университет им. Н.Н. Бурденко Россия · Воронеж

КО

Королева В. А.

Воронежский государственный университет Россия · Воронеж

Воронежский государственный медицинский университет им. Н.Н. Бурденко Россия · Воронеж

АР

Артюхов В. Г.

Воронежский государственный университет Россия · Воронеж

АННОТАЦИЯ

Пространственная структура фермента во многом определяет механизм его функционирования. В частности, изменение количества, структуры и локализации внутренних полостей, туннелей и пор в молекуле энзима могут менять его термостабильность, механизм диффузии субстрата к активному центру, а также особенности взаимодействия с микроокружением. Исследованы состав, локализация и структура внутренних полостей, туннелей и пор в молекулах целлюлаз из Thermotoga maritima, связанных с различными лигандами и имеющих аминокислотные замены. Расчет параметров пор, туннелей и полостей осуществляли в программном обеспечении Mole. Выдвинуто предположение о влиянии данных модификаций на изменение структуры представленных в работе ферментов. Проанализированные в работе данные имеют значительную ценность для понимания процессов конформационных перестроек в молекулах целлюлаз из Thermotoga maritima при их связывании с различными лигандами и при наличии точечных мутаций, что может быть полезным при проектировании на основе данных белков промышленных катализаторов и изучении их физиологической роли внутри организма-продуцента.

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА

in silico анализ, целлюлазы, молекулярный комплекс, туннели, полости, поры, изменение конформации

Финансирование

Исследование выполнено при финансовой поддержке Российского научного фонда, проект №21-74-20053

1. Saxena A., Ragauskas A.J. Water transmission barrier properties of biodegradable films based on cellulosic whiskers and xylan. Carbohydrate polymers, 2009, vol. 78, no. 2, pp. 357-360.

2. Dashtban M., Schraft H., Syed T.A., Qin W. Fungal biodegradation and enzymatic modification of lignin. International journal of biochemistry and molecular biology, 2010, vol. 1, no. 1, p. 36. EDN: https://elibrary.ru/PIKCUJ

3. Богомолов Д.Ю., Сакибаев Ф.А., Холявка М.Г., Артюхов В.Г., Селеменев В.Ф. Изучение in silico структурных особенностей липаз из различных продуцентов. Сорбционные и хроматографические процессы, 2021, т. 21, № 4, c. 555-567. DOI: https://doi.org/10.17308/sorpchrom.2021.21/3640; EDN: https://elibrary.ru/PNAZVJ

4. Холявка М.Г., Артюхов В.Г. Иммобилизованные биологические системы: биофизические аспекты и практическое применение (учебное пособие). Воронежский государственный университет. Воронеж: Издательский дом ВГУ, 2017, 261 с. EDN: https://elibrary.ru/YLKZJG

Контент доступен под лицензией Creative Commons «С указанием авторства версии 4.0 Международная»

JATS XML

Ответственный секретарь

Воронин Дмитрий Петрович

dpvoronin@sevsu.ru

Главный редактор

Евстигнеев Максим Павлович

Научный редактор

Твердислов Всеволод Александрович

tverdislov@mail.ru

Контент доступен под лицензией Creative Commons «С указанием авторства версии 4.0 Международная» Creative Commons

ГОСТ

Холявка М. Г., Ковалева И. Ю., Бруева М. С., Богомолов Д. Ю., Панкова С. М., Королева В. А., Артюхов В. Г. In silico анализ особенностей пространственной организации молекул целлюлаз из различных продуцентов // . 2022. С. 137-146. DOI: https://doi.org/10.29039/rusjbpc.2022.0495. (дата обращения: 19.08.2026).

MLA

Холявка М. Г., Ковалева И. Ю., Бруева М. С., Богомолов Д. Ю., Панкова С. М., Королева В. А., Артюхов В. Г.. "In silico анализ особенностей пространственной организации молекул целлюлаз из различных продуцентов." (2022): 137-146. DOI: https://doi.org/10.29039/rusjbpc.2022.0495.

APA

Холявка М. Г., Ковалева И. Ю., Бруева М. С., Богомолов Д. Ю., Панкова С. М., Королева В. А., Артюхов В. Г. (2022). In silico анализ особенностей пространственной организации молекул целлюлаз из различных продуцентов. , 137-146. https://doi.org/10.29039/rusjbpc.2022.0495

Chicago

Холявка М. Г., Ковалева И. Ю., Бруева М. С., Богомолов Д. Ю., Панкова С. М., Королева В. А., Артюхов В. Г.. "In silico анализ особенностей пространственной организации молекул целлюлаз из различных продуцентов." , no. (2022): 137-146. https://doi.org/10.29039/rusjbpc.2022.0495.

WIKI

{{cite journal | author = Холявка М. Г., Ковалева И. Ю., Бруева М. С., Богомолов Д. Ю., Панкова С. М., Королева В. А., Артюхов В. Г. | title = In silico анализ особенностей пространственной организации молекул целлюлаз из различных продуцентов | journal = | year = 2022 | pages = 137-146 | doi = 10.29039/rusjbpc.2022.0495 }}

Скопировать

Экспорт: BibTeX EndNote RefMan RusMARC

Подтверждение