Национальный исследовательский Томский государственный университет
Томск, Томская область, Россия
В наших предыдущих работах для моделирования динамики угловых колебаний оснований гена, кодирующего интерферон alpha 17 (IFNA17), мы применяли квазиоднородное приближение, в рамках которого параметры математической модели усреднялись по всей длине последовательности гена. В настоящей работе учитывается неоднородный характер последовательности гена, которая состоит из трех участков: кодирующей области (50..619) и двух областей (1..49 и 620..980), функциональная значимость которых неизвестна. Мы используем приближение, в котором параметры математической модели усредняются не по всей последовательности, а отдельно по каждому из трех участков. Это позволило рассчитать энергетический профиль гена и построить траекторию движения кинка ДНК в потенциале с таким профилем.
интерферон, энергетический профиль гена, траектория движения кинка ДНК
1. Dubois A., Francois C., Descamps V., Fournier C., Wychowski C., Dubuisson J., Castelain S. Enhanced anti- HCV activity of interferon alpha 17 subtype. Virology Journal, 2009, vol. 6, p. 70.
2. Бычков В.А., Рязанцева Н.В., Новицкий В.В. Анализ совместного влияния полиморфизмов генов системы интерферона OAS1, OAS2, IFNA17 и IFNG на предрасположенность к хроническому вирусному гепатиту C. Бюлл. сибирской медицины, 2011, № 3, с. 19-23. [Bychkov V.A., Ryazantseva N.V., Novitsky V.V. Analysis of the combined effect of polymorphisms interferon genes OAS1, OAS3, PKR, IFNA17 and IFNG in susceptibility to chronic viral hepatitis C. Bull. of Siberian medicine, 2011, no. 3, pp. 19-23. (In Russ.)]
3. Krasnobaeva L.A., Yakushevich L.V. Rotational dynamics of bases in the gene coding interferon alpha 17 (IFNA17). Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2015, vol. 13, pp. 1540002 (13 pages).
4. Якушевич Л.В., Краснобаева Л.В. Вынужденные колебания оснований ДНК. Биофизика, 2016, т. 61, № 2, c. 286-296. [Yakushevich L.V., Krasnobaeva L.A. Forced Oscillations of DNA bases. Biophysics, 2016, vol. 61, no. 2, pp. 286-296. (In Russ.)]
