В работе представлены результаты исследования неокиоторфина методами молекулярной механики и молекулярной динамики. Определены энергетические и геометрические параметры оптимальных структур пептида.Установлено, что пространственное строение неокиоторфина в условиях водного окружения может быть описано набором низкоэнергетических состояний, находящихся в конформационном равновесии; спиральные или полусвернутые конформации отвечают наиболее стабильным состояниям данной молекулы. Выявлено, что для N -концевого трипептидного участка молекулы характерен высокий уровень подвижности, в отличие от его С-концевого дипептидного участка, свернутая структура которого сохраняется на протяжении всего этапа моделирования. Конформационная жесткость и ориентация боковых цепей указанного дипептидного участка играют экранирующую роль в сохранении устойчивости химической связи Tyr-Arg к расщепляющему действию аминопептидаз, что является важным для функциональной активности молекулы.
неокиоторфин, пространственная структура, конформация, молекулярная механика, молекулярная динамика
1. Nedjar-Arroume N, Dubois-Delval V., Miloudi K., Daoud R, Krier F., Kouach M., Briand G., Guillochon D. Isolation and characterization of four antibacterial peptides from bovine hemoglobin. Peptides, 2006, vol. 27, pp. 2082-2089.
2. Sazonova O.V., Blishchenko E.Yu., Njlmazova A.G. [et al.] Stimulation of fibroblast proliferation by neokyotorphin requires Ca2+ influx and activation of PKA, CaMK II and MAPK/ERK. FEBS Journal, 2007, vol. 274, Iss. 2, pp. 474-484.
3. Годжаев Н.М., Максумов И.С., Исмаилова Л.И. Программа полуэмпирического расчета конформаций молекулярных комплексов. Журнал структурной химии, 1983, № 24, с. 147-148. [Godjayev N.M., Макsumov I.S., Ismailova L.I. Programm of semiempirical calculations of conformations of molecular complexes. Jurnal strukturnoy himii, 1983, no. 24, pp. 147-148. (In Russ.)]
4. Akverdieva G.A., Godjayev N.M., Akyuz S. A Molecular Mechanics Conformational Study of Peptide T. J. Mol. Struct., 1997, vol. 403, pp. 95-110.
5. IUPAC-IUB, Quantity, Units and Symbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications. Oxford, 1988, vol. 39.
6. Berendsen H.J.C., Postma J.P.M., van Gunsteren W.F., DiNola A., Haak J.R. J. Chem. Phys., 1984. vol. 81, pp. 3684-3690.
