Проводится сравнение конденсации ДНК в растворе, содержащем поли-L-лизин с различным числом мономеров n = 2, 3, 5, 325 в присутствии низкомолекулярной соли 5 мМ NaCl. Было показано, что, несмотря на идентичные результаты конденсации ДНК, индуцированной полилизином и его олигомерами, кинетика компактизации ДНК и конформационные изменения макромолекулы до ее конденсации зависят от того, принадлежат ли конденсирующие агенты к высокомолекулярным поликатионам или коротким олигомерам. Вторичная и третичная структуры ДНК были изучены с помощью спектральных методов (сектрофотометрия, флуоресцентрная спектроскопия, круговой дихроизм), а также с использованием динамического рассеяния света, низкоградиентной вискозиметрии, двулучепреломления в потоке и атомной силовой микроскопии. В последнем случае изображения были получены после фиксации молекул ДНК из раствора на поверхность слюды в присутствии ионов магния.
конденсация ДНК, поли-L-лизин, олигопептиды, кинетика компактизации ДНК
1. Kasyanenko N., Dribinsky B. Similarities and differences in the influence of polycations and oligomers on DNA conformation and packaging. Int J Biol Macromol., 2016, vol. 86, pp. 216-223.
2. Matthews C., Jenkins G., Hilfinger J., Davidson B. Poly-l-lysine (PLL)-mediated DNA condensation has been studied as a model for DNA compaction to nanoparticles and for the use of DNA nanoparticles for gene delivery applications Gene Ther., 1999, vol. 6, pp. 1558-1564
3. Hansma H.G. DNA collapse by PLL leads to structures of various shapes (i.e. toroids, spheroids, or rods) and sizes, depending on its ratio to DNA and the conditions of the medium Annu. Rev. Phys. Chem., 2001, vol. 52, pp. 71-92.
4. Nayvelt I., Thomas T., Thomas T.J. Mechanistic differences in DNA nanoparticle formation in the presence of oligolysines and poly-l-lysine. Biomacromolecules, 2007, vol. 8, pp. 477-484.
5. Mann A., Richa R., Ganguli M. DNA condensation by poly-l-lysine at the single molecule level: role of DNA concentration and polymer length. J. Control. Release, 2008, vol. 125, pp. 252-262.
6. Elder R.M., Emrick T., Jayaraman A. Understanding the effect of polylysine architecture on DNA binding using molecular dynamics simulations. Biomacromolecules, 2011, vol. 12, pp. 3870-3879.
