Ранее было показано, что основной сайт связывания глицил-тРНК синтетазы человека на IRES первого типа формируется апикальной частью его пятого домена. При этом за узнавание белком места посадки на тРНК отвечает, прежде всего, его антикодон-связывающий домен. В данной работе мы показали, что глицил-тРНК синтетаза способна взаимодействовать и с другими стержне-петлевыми участками IRES первого типа, расположенными вне пятого домена, которые, так же как и определенный ранее участок мРНК, имитируют антикодоновую шпильку глициновой тРНК и содержат глициновый антикодон в петлевом участке. За специфическое взаимодействие с этими участками вирусной мРНК, по всей видимости, так же отвечает антикодон-связывающий домен глицил-тРНК синтетазы. Полученные данные подтверждают выдвинутую нами ранее гипотезу о существовании дополнительного сайта связывания гомодимера глицил-тРНК синтетазы человека на IRES первого типа.
вирусы, энтеровирус, инициация трансляции, глицил-тРНК синтетаза человека, сайт внутренней посадки рибосомы, IRES, РНК-белковые взаимодействия
1. Sweeney T.R., Abaeva I.S., Pestova T.V., Hellen, C.U.T. The mechanism of translation initiation of type 1 picornavirus IRESs. The EMBO J., 2014, vol. 33, pp. 76-92.
2. Jang S.K., Pestova, T.V., Hellen C.U.T., Witherell G.W., Wimmer, E. Cap-independent translation of picornavirus RNAs: structure and function of the internal ribosomal entry site. Enzyme, 1990, vol. 44, pp. 292-309.
3. Pestova T.V., Hellen C.U., Wimmer E. Translation of poliovirus RNA: role of an essential cis-acting oligopyrimidine element within the 5 nontranslated region and involvement of a cellular 57-kilodalton protein. J. Virol., 1991, vol. 65, pp. 6194-6204.
4. Pestova T.V., Hellen C.U. and Wimmer E. A conserved AUG triplet in the 5’ nontranslated region of poliovirus can function as an initiation codon in vitro and in vivo. Virology, 1994, vol. 204, pp. 729-737.
5. Andreev D.E., Hirnet J., Terenin I.M., Dmitriev S.E., Niepmann M., Shatsky I.N. Glycyl-tRNA synthetase specifically binds to the poliovirus IRES to activate translation initiation. Nucleic Acids Res., 2012, vol. 40, no. 12, pp. 5602- 14.
6. Никонова Е.Ю., Миxайлина А.О., Леконцева Н.В., Никонов О.C., Кляштоpный В.Г., Кpавченко О.В., Андpеев Д.Е., Шатcкий И.Н., Гаpбеp М.Б. Опpеделение минимального фpагмента полиовиpуcного IRES-элемента, необxодимого для обpазования cпецифичеcкого комплекcа c человечеcкой глицил-тРНК cинтетазой. Биофизика, 2016, т. 61, № 2, с. 277-85.
7. Никонова Е.Ю., Михайлина А.О., Немчинова М.С., Гарбер М.Б., Никонов О.С. Глицил-тРНК синтетаза - возможный универсальный регулятор инициации трансляции на IRES первого типа. Молекулярная биология, 2018 (в печати) [Nikonova E.Y., Mihaylina A.O., Nemchinova M.S., Garber M.B., Nikonov O.S. Glycyl-tRNA synthetase is the universal regulator of the translation initiation at the IRES-I. Molecular biology, 2018 (in press) (In Russ.)].
8. Brodersen D.E., Clemons W.M., Carter A.P., Wimberly B.T. and Ramakrishnan V. Crystal structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus: structure of the proteins and their interactions with 16S RNA. J. Mol. Biol., 2002, vol. 316, pp. 725-768.
9. Nikulin A., Mikhailina A., Lekontseva N., Balobanov V., Nikonova E., Tishchenko S. Characterization of RNA- binding properties of the archaeal Hfq-like protein from Methanococcus jannaschii. J Biomol Struct Dyn., 2017, vol. 35, no. 8, pp. 1615-1628.
