СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ МОЛЕКУЛЫ БАКТЕНЕЦИНА
Авторы:
1.
Бакинский государственный университет
Тип:
Статья
Страницы:
с 212
по 214
Статус:
Опубликован
Получено:
20.06.2017
Одобрено:
20.06.2017
Опубликовано:
25.06.2017
Классификаторы:
УДК 577 Материальные основы жизни. Биохимия. Молекулярная биология.Биофизика
Язык материала:
русский
Ключевые слова:
бактенецин, полуэмпирический метод атом-атомных потенциалов, конформационный анализ
Аннотация (русский):
На классической основе, при помощи полуэмпирического метода атом-атомных потенциалов, выполнен априорный конформационный анализ молекулы бактенецина. Конформационный анализ был проведен на основе аминокислотной последовательности и стандартной валентной структуры аминокислот, используя фрагментарный подход для расчета оптимальных пространственных структур олигопептидов и белков. Проведенный конформационный анализ перекрывающихся четырех гексапептидных фрагментов и всей молекулы бактенецина показал, что низкоэнергетичность конформаций достигается за счет согласованных стабилизирующих невалентных взаимодействий между всеми остатками. Низкоэнергетические состояния линейной последовательности бактенецина можно сгруппировать в нескольких формах основной цепи, в которых остатки Cys 3 и Cys 11 расположены недалеко друг от друга и их боковые цепи имеют необходимую для образования дисульфидной связи взаимную ориентацию.
На классической основе, при помощи полуэмпирического метода атом-атомных потенциалов, выполнен априорный конформационный анализ молекулы бактенецина. Конформационный анализ был проведен на основе аминокислотной последовательности и стандартной валентной структуры аминокислот, используя фрагментарный подход для расчета оптимальных пространственных структур олигопептидов и белков. Проведенный конформационный анализ перекрывающихся четырех гексапептидных фрагментов и всей молекулы бактенецина показал, что низкоэнергетичность конформаций достигается за счет согласованных стабилизирующих невалентных взаимодействий между всеми остатками. Низкоэнергетические состояния линейной последовательности бактенецина можно сгруппировать в нескольких формах основной цепи, в которых остатки Cys 3 и Cys 11 расположены недалеко друг от друга и их боковые цепи имеют необходимую для образования дисульфидной связи взаимную ориентацию.
Ключевые слова:
бактенецин, полуэмпирический метод атом-атомных потенциалов, конформационный анализ
бактенецин, полуэмпирический метод атом-атомных потенциалов, конформационный анализ
1. Кокряков В. Н. Биология антибиотиков животного происхождения. СПб.: Наука, 1999, 162 с. [Kokryakov V.N. Biology of antibiotics from animal sources. St. Petersburg: Nauka, 1999, 162 p. (In Russ.)]
2. Попов Е.М. Структурная организация белков. М.: Наука, 1989, 352с. [Popov E.M. Structural organization of proteins. Moscow:Nauka, 1989, 352 p. (In Russ.)]
3. Mamany F.A., Mc Guire R.F., Burgess A.W., Scheraga H.A. J.Chem. Phys., 1975, vol. 79, no. 22, p. 2361-2381.
4. IUPAC - IUB. Commision on Biochemical Nomenclature Biochem.Biophys.Acta. 1971, vol. 229, pp. 1-17.
