![Структурная организация аналога [PRO3] молекулы октарфина](/upload/21232f297a57a5a743894a0e4a801fc3/journals/cover/f8c56688fa307e98584d30b341015d28.jpeg)
Методом теоретического конформационного анализа исследована пространственная структура аналога [Pro3] молекулы октарфина. Аминокислотная последовательность октарфина Thr1-Pro2-Leu3-Val4-Thr5-Leu6- Phe7-Lys8-NH2 соответствует фрагменту 12-19 b -эндорфина. Установлено, что октарфин связывается с макрофагами с высокой аффильностью и специфичностью. Расчет молекулы выполнен с помощью метода теоретического конформационного анализа. Потенциальная функция системы выбрана в виде суммы невалентных, электростатических и торсионных взаимодействий и энергии водородных связей. Пространственная структура молекулы Thr1-Pro2-Pro3-Val4-Val5-Leu6-Phe7-Lys8-NH2 рассчитана на основе низкоэнергетических конформаций молекулы октарфина. Показано, что пространственная структура аналога [Pro3] молекулы октарфина может быть представлена тремя низкоэнергетическими формами основной цепи. Найдены низкоэнергетические конформации молекулы, значения двугранных углов основных и боковых цепей аминокислотных остатков, оценена энергия внутри- и межостаточных взаимодействий.
октарфин, аналог, теоретический конформационный анализ, пространственная структура, конформация
1. Некрасова Ю.Н., Садовников В.Б., Золотарев Ю.А., Наволоцкая Е.В Свойства и механизм действия синтетического пептида октарфина. Биоорганическая химия, 2010, т. 36, № 5, с. 638. [Nekhasova Yu.N., Sadovnikov V.B., Zolotarev Yu.A., Navolotskaya E.V. The properties and mechanism of action of the octarphin peptide. Journal of Bioorganic Chemistry, 2010, vol. 36, no. 5, pp. 638-645 (In Russ.)]
2. Новолоцкая Е.В. Октарфин - неопиоидный пептид опиоидного происхождения. Международная конференция по биоорганической химии, биотехнологии и бионанотехнологии, Москва, 2014, c. 38. [Navolotskaya E.V. Octarphin - nonopioid peptid of the opioid orgin. International conference on bioorganic chemistry, biotechnology and bionanotechnology, Moscow, 2014, p. 35 (In Russ.)]
3. IUPAC-IUB, Quantiby, Units and Sybbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications, 1998, p. 39.
4. Akhmedov N.A., Tagiyev Z.H., Hasanov E.M., Akverdieva G.A. Theoretical conformational analisis of the bovine adrenal medulla 12 residue peptide molecule. J.Molecular Structure, 2003, vol. 646, pp. 75-80.
5. Akhmedov N.A., Ismailova L.I., Agayeva L.N., Gocayev N.M. The spatial structure of the cardio active peptides. Peptid and Protein Research, 2010, vol. 11, pp.87-93.
6. Гаджиева Ш.Н., Ахмедов Н.А., Масимов Э.А, Годжаев Н.М. Пространственная структура молекулы Thr-Pro- Ala-Glu-Asp-Phe-Met-Arg-Phe-NH2. Биофизика, 2013,т. 58, вып. 4, с. 587-590. [Gadjieva Sh.N., Akhmedov N.A., Masimov E.A., Godjaev N.M. Spatial Structure of Thr-Pro-Ala-Glu-Asp-Phe-Met-Arg-Phe-NH2. Biophysics, 2013, vol. 58, iss. 4, pp. 587-590 (In Russ.)]
