Общая структура и способ действия РНК полимераз эукариот и архей сходны, несмотря на различия в последовательности промоторов из разных видов. Целью нашей работы является поиск общих физико-химических характеристик участков ДНК, которые определяют их свойство как промоторов для РНК полимеразы II (Pol II). В работе проведен анализ профилей большого числа физических и структурных характеристик, усредненных по репрезентативным выборкам из разных видов для животных, растений и одноклеточных грибов. В дополнении к известным динуклеотидным характеристикам ДНК мы впервые использовали индексы, характеризующие расщепление ДНК ультразвуком. Эти индексы несут информацию о свойствах отдельных нитей молекулы ДНК. Особые свойства обнаруживаются для ДНК из многоклеточных организмов в области, которая соединяет ТАТА бокс и начало сайта инициации транскрипции (TSS). Мы связываем их с интенсивностью конформационных движений, которая меняется в противофазе вдоль ДНК. Это видно лучше всего для ДНК из клеток млекопитающих. Обнаруженные нами физико-химические свойства молекулы ДНК могут быть использованы в генетической инженерии для искусственной модуляции силы промоторов.
локальная структура и конформация ДНК, промоторы РНК полимеразы II, специфичное расщепление ДНК ультразвуком
1. Гроховский С.Л., Ильичева И.А., Нечипуренко Д.Ю., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Нечипуренко Ю.Д. Биофизика, 2008, т.53, с. 417-425. [Grokhovsky S.L. et al. Biophysics, 2008, vol. 53, pp. 417-425 (In Russ.)]
2. Нечипуренко Ю.Д., Головкин М.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л. Журнал структурной химии, 2009, т. 50, с. 1040-1047. [Nechipurenko Yu.D. et al. J. Strukt. Khimii 2009, vol. 50, pp. 1040-1047 (In Russ.)]
3. Grokhovsky S.L., Il’icheva I.A., Nechipurenko D.Yu., Golovkin M.V., Panchenko L.A., Polozov R.V., Nechipurenko Yu.D. Biophysical Journal, 2011, vol.100, no.1, pp. 117-125.
4. Grokhovsky S., Il’icheva I., Nechipurenko D., Golovkin M., Taranov G., Panchenko L., Polozov R. and Nechipurenko Yu. Gel Electrophoresis - Principles and Basics, Dr. Sameh Magdeldin Ed., 2012, ISBN: 978-953-51-0458-2, InTech.
5. Poptsova M.S., Il'icheva I.A., Nechipurenko D.Y., Panchenko L.A., Khodikov M.V., Oparina N.Y., Polozov R.V., Nechipurenko Y.D., Grokhovsky S.L. Sci Rep., 2014, vol. 4, p. 4532.
6. Grokhovsky S.L., Il’icheva I.A., Nechipurenko D.Yu., Golovkin M.V., Panchenko L.A., Polozov R.V. and Nechipurenko Yu.D. Advances in Engineering Research, 2014, vol. 8, pp. 213-236, ISSN: 2163-3932, ISBN: 978-1-63321-282-4.
7. Нечипуpенко Д.Ю., Ильичева И.А., Xодыков М.В., Попцова М.C., Нечипуpенко Ю.Д., Гpоxовcкий C.Л. Биофизика, 2014, т. 59, с. 1061-1070. [Nechipurenko D.Yu. et al. Biopysics, 2014, vol. 59, pp. 1061-1070 (In Russ.)]
8. Нечипуренко Ю.Д., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Головкин М.В., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л Журнал «Компьютерные исследования и моделирование», 2010, т. 2, с. 419-428. [Nechipurenko Yu.D. et al. J. Computer Res. and Modelling, 2010, vol. 2, pp. 419-428 (In Russ.)]
9. Il’icheva I.A., Khodikov M.V., Poptsova M.S., Nechipurenko D.Yu., Nechipurenko Yu.D., Grokhovsky S.L. Structural features of DNA that determine RNA polymerase II core promoter. BMC genomics, 2016, vol. 17, p. 973.
