Методом теоретического конформационного анализа были исследованы конформационные особенности иммуностимулирующего гексапептида Val-Glu-Pro-Ile-Pro-Tyr, выделенного путем ферментативного раcщепления из молекулы казеина человека. В результате расчетов были определены стабильные структуры молекулы в виде ограниченного набора низкоэнергетических конформаций. Было показано, что для этой молекулы энергетически наиболее предпочтительными оказались конформации, характеризующиеся компактно свернутой формой пептидного остова. Были определены величины двугранных углов основной и боковых цепей и оценены энергетические вклады внутри и межостаточных взаимодействий во всех оптимальных конформацияхт гексапептида. Сопоставление геометрических и энергетических параметров стабильных структур гексапептида позволило выявить конформационно подвижные и консервативные участки молекулы .
иммуностимулирующий гексапептид, фагоцитоз, конформация, теоретический конформационный анализ, подвижность
1. Parker F., Migliore-samour D., Floc'h F.,Zerial A., Werner G.H., Jollles J., Casaretto M., Zahn H., Jolles P., Immunostimulating hexapeptide from human casein :amino acid sequence, synthesis and biological properties. Eur. J. Biochem., 1984, vol. 45, pp. 677-682.
2. Jaziri M., Migliore-Samour D., Casabianca-Pignède M.-R. ,Keddad K., Morgat J.K. , Jollès P. Specific binding sites on human phagocytic blood cells for Gly-Leu-Phe and Val-Glu-Pro-Ile-Pro-Tyr, immunostimulating peptides from human milk proteins. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Protein Structure and Molecular Enzymology, 1992, vol. 1160, iss. 3, pp. 251-261
3. Rysz J., Redliński A., Mudyna J., Lucia M. Synthesis and immunomodulatory activity of novel analogues of human beta-casein fragment [54-59]. Acta pol pharm., 2000, vol. 57, pp. 11-14.
4. Momany F., McGuire R., Burgess A., Scheraga H. Energy parameters in polypeptides. Geometric parameters, partial atomic charges, non bonded interaction for naturally occurring amino acid. J. Phys. Chem., 1975, vol. 79, pp. 2361-2381.
5. Popov E.M. Quantative approach to conformations. Int. J. Quantum Chem., 1979, vol. 16, pp. 707-737.
6. IUPAC-IUB Quantity. Units and Symbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications, Oxford. 1988, vol. 39, 233 p.
7. Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godjaev N.M The program for semiempirical calculation of conformations of the molecular complexes. Russ. J. Struct. Khim., 1983, vol. 24, pp. 147-148.
8. Agaeva G.A., Agaeva U.T., Godjaev N.M The spatial organization of human hemokinin-1 and mouse/rat hemokinin-1 molecules. Russ. Biophysics, 2015, vol. 60, pp. 365-377.
