Москва, г. Москва и Московская область, Россия
Москва, г. Москва и Московская область, Россия
Москва, г. Москва и Московская область, Россия
Москва, г. Москва и Московская область, Россия
Москва, г. Москва и Московская область, Россия
На основе результатов собственных исследований и литературных данных была создана база данных “Properties of artificial bacteriorhodopsin analogs. From 1975 to 2019”, версия 2, 2020, суммирующая сведения о способности апобелка (бактериоопсина - BO) к образованию ковалентных и нековалентных комплексов с различными полиеновыми соединениями и об их фотохимических и функциональных свойствах.
ретиналь-содержащие белки, бактериородопсин, изомеры и аналоги ретиналя, модификации хромофора, свойства аналогов бактериородопсина
1. Oesterhelt D., Stoeckenius W. Rhodopsin-like protein from purple membrane of Halobacterium halobium. Nature (New Biologist), 1971, vol. 233, pp. 149-151, DOI:https://doi.org/10.1038/newbio233149a0.
2. Deisseroth K. Optogenetics: 10 years of microbial opsins in neuroscience. Nature Neurosci., 2015, vol. 18, pp. 1213-1225. DOI:https://doi.org/10.1038/nn.4091.
3. Boyden E.S. Optogenetics and the future of neuroscience. Nature Neurosci., 2015, vol. 18, pp. 1200-1201. DOI:https://doi.org/10.1038/nn.4094.
4. Говорунова Е.Г., Коппель Л.А. Путь к оптогенетики: родопсиновые белки микроорганизмов. Биохимия, 2016, т. 81, № 9, c. 1172-1186. @@[Govorunova E.G., Koppel L.A. The road to optogenetics. Microbial Rhodopsins. Biokhimiya, 2016, vol. 81, no. 9, pp. 1172-1186. (In Russ.)] DOI:https://doi.org/10.1134/S0006297916090029.
5. Stoeckenius W., Lozier R., Bogomolni R.A. Bacteriorhodopsin and purple membrane of Halobacteria. Biochim. Biophys. Acta, 1979, vol. 505, no. 3-4, pp. 215-279. DOI:https://doi.org/10.1016/0304-4173(79)90006-5.
6. Kandori H. Biophysics of rhodopsins and optogenetics. Biophys. Rev., 2020, DOI:https://doi.org/10.1007/s12551-020-00645-0.
7. Ernst O.P., Lodowski D.T., Elstner M., Hegemann P., Brown L.S., Kandori H. Microbial and Animal Rhodopsins: Structures, Functions, and Molecular Mechanisms. Chem. Rev., 2014, vol. 114, no. 1, pp. 126-163, DOI:https://doi.org/10.1021/cr4003769.
8. Gushchin I., Gordeliy V. Membrane Protein Complexes: Structure and Function. Subcellular Biochemistry, (Harris J.R., Boekema E.J. Eds), 2018, vol. 87, ch. 2, pp. 19-56.
9. Li Y.-T., Tian Y., Tian H., Tu T., Gou G.-Y., Wang Q., Qiao Y.-C., Yang Y., Tian-Ling Ren T.-L. A Review on Bacteriorhodopsin-Based Bioelectronic Devices. Sensors, 2018, vol. 18, no. 5, pp. E1368. DOI:https://doi.org/10.3390/s18051368.
10. Мицнер Б.И., Ходонов А.А. Хромофорные группы ретинилиденпротеидов. «Светочувствительные биологические комплексы и оптическая регистрация информации». Ред. Иваницкий Г.Р., Пущино: АН СССР, 1985, c. 38-49. @@[Mitsner B.I., Khodonov A.A. Chromophoric groups of retinylideneproteins. Light-sensitive biocompexes and optical registration of the information. Ivanitsky G.R. Ed., Puchshino: RAS, 1985, pp. 38-49. (In Russ.)]
11. Chemistry and Biology of Synthetic Retinoids. Eds. Dawson M.I., Okamura W.H., Boca Raton: CRC Press Inc., 1990, 627 p. DOI:https://doi.org/10.1201/9781351070638.
12. Мицнер Б.И., Ходонов А.А., Звонкова Е.Н., Евстигнеева Р.П. Аналоги ретиналя: синтез и взаимодействие с бактериоопсином. Биоорган. химия, 1986, т. 12. № 1, с. 5-53. @@[Mitsner B.I., Khodonov A.A., Zvonkova E.N., Evstigneeva R.P. Analogues of retinal: synthesis and interaction with bacterioopsin. Bioorgan. Khim. (Rus), 1986, vol. 12, no. 1, pp. 5-53 (In Russ.)]
13. Mitsner B.I., Khodonov A.A., Zvonkova E.N., Karnauchova E.N. Retinal analogs and N-retinylidenepeptides as tools for investigation of bacteriorhodopsin and rhodopsin chromophoric binding sites. Retinal Proteins. Ed. Ovchinnikov Yu.A. Utrecht: VNU Press, The Netherlands, 1989, pp. 561-569.
14. Ходонов А.А., Еремин С.В., Локшин Дж.Л., Швец В.И., Демина О.В., Хитрина Л.В., Каулен А.Д. Аналоги ретиналя и их роль в исследовании бактериородопсина. Биоорган. химия, 1996, т. 22, № 10-11, с. 745-776. @@[Khodonov A.A., Eremin S.V., Lockshin J. L., Shvets V.I., Demina O.V., Khitrina L.V., Kaulen A.D. Retinal analogs and their application for bacteriorhodopsin investigation. Bioorgan. Khim. (Rus), 1996, vol. 22, no. 10-11, pp. 745-776. (In Russ.)]
15. Barachevsky V.A., Khodonov A.A., Belikov N.E., Laptev A.V., Lukin A.Yu., Demina O.V., Luyksaar S.I., Krayushkin M.M. Properties of Photochromic Retinals. Dyes and Pigments, 2012, vol. 92, no. 2, p. 831-837, DOI:https://doi.org/10.1016/j.dyepig.2011.05.009.
16. Ходонов А.А., Лаптев А.В., Лукин А.Ю., Беликов Н.Е., Фомин М.А., Демина О.В., Складнев Д.А., Тюрин С.А., Швец В.И. Гибридные аналоги ретиноидов: как инструменты для исследований в области нанобиофотоники. Вестник МИТХТ, 2011, т. 6, № 2, с. 15-36. @@[Khodonov A.A., Laptev A.V., Lukin A.Y., Belikov N.E., Fomin M.A., Demina O.V., Skladnev D.A., Tyurin S.A., Shvets V.I. Retinoid hybrids as instruments for nanobiophotonics researches. Vestnik MITHT, 2011, vol. 6, no. 2, pp. 15-36. (In Russ.)]
17. Khodonov A.A., Belikov N.E., Demina O.V. Database Properties of artificial bacteriorhodopsin analogs. From 1975 to 2019. Eds. Chupin V.V., Varfolomeev S.D. Version 2, 2020, Moscow, IBCP/MIPT, 186 p., URL: http://biochemphysics.ru/assets/upload/documents/docs/BRDT_v2.pdf.
18. Belikov N.E., Melnikova I.A., Demina O.V., Petrovskaya L.E., Kryukova E.A., Dolgikh D.A., Kuzmichev P.K., Chupin V.V., Lukin A.Yu., Shumsky A.N., Chizhov I., Levin P.P., Kirpichnikov M.P., Varfolomeev S.D., Khodonov A.A. The effect of the chromophoric group modification on the optical properties of retinal proteins. Mendeleev Communications, 2018, vol. 28, no. 4, pp. 406-408. DOI:https://doi.org/10.1016/j.mencom.2018.07.022.
19. Ходонов А.А. Синтетический подход к исследованию взаимосвязи структура-активность в ретиноид-белковых комплексах: бактериородопсине и ядерных рецепторах ретиноевой кислоты. Диссертация на степень д.х.н. Биоорганическая химия, 1997. @@[Khodonov A.A. Synthetic Approach to Investigation of Structure-Activity Relationships in Retinoid-Protein Complexes: Bacteriorhodopsin and Retinoic Acid Nuclear Receptors. Doctor of Sciences Degree Thesis. Bioorganic Chemistry, 1997. (In Russ.)]
