Молекула овокинина (2-7), аминокислотная последовательность которой является производной от участка 359-364 молекулы овальбумина, соответствует минимальной последовательности овокинина, существенно понижающей артериальное давление. В данной работе было проведено сравнительное исследование пространственного строения и конформационных свойств молекул овокинина (2-7) и его аналога новокинина методом молекулярной механики. Проведенные расчеты показали, что в слабополярной среде пептиды предпочтительно формируют похожие стабильные структуры, для которых характерна вытянутая с двумя загибами конформация пептидной цепи. Было показано, что энергетически предпочтительная конформация этих пептидов стабилизируется эффективным элекстростатическим взаимодействием с образованием водородных связей между атомами гуанидиновой группы боковой цепи аргинина и карбоксильными группами молекул. В результате сравнительного исследования двух структурно гомологичных пептидов, овокинина (2-7) и новокинина, были определены энергетически предпочтительные области величин двугранных углов и взаимное расположение остатков в низкоэнергетических конформациях молекул. На основе полученных параметров были составлены молекулярные модели энергетически предпочтительных конформаций овокинина (2-7) и новокинина.
овокинин (2-7) новокинин, аналог, конформация, метод молекулярной механики
1. Matoba N., Usuio H., Fujita H., Yoshikawa M. A novel antihypertesive peptide derived from ovalbumin induces nitric oxidemediated vasorelaxation in an isolated SHR mesenteric artery. FEBS Lett, 1999, vol. 452, no. 3, pp. 181-184.
2. Matoba N., Kamada Y., Usui H., Nakagiri R., Yoshikawa M. Designing Potent derivativates of Ovokinin (2-7), an Antihypertensive Peptide Derived from Ovalbumin. Biosci. Biotechnol. Biochem, 2001, vol. 65, no. 3, pp. 736-739.
3. Yamada Y., Matoba N., Usui H., Onishi K., Yoshikawa M. Design of a Highly Potent Anti-hypertensive Peptide Based on Ovokinin (2-7). Biosci, Biotechnol. Biochem, 2002, vol. 66, no. 6, pp. 1213-1217.
4. Yamada Y., Yamauchi D., Usui H., Zhao H., Yokoo M., Ohinata K., Iwai M., Horiuchi M., Yoshikawa M. Hypotensive activity of novokinin, a potent analogue of ovokinin (2-7), is mediated by angiotensin AT(2) receptor and prostaglandin IP receptor. Peptides, 2008, vol. 29, no. 3, pp. 412-418.
5. Yoshikawa M., Ohinata K., Yamada Y. The pharmacological effects of novokinin; a designed peptide agonist of the angiotensin AT2 receptor. Curr Pharm Des., 2013, vol. 19, no. 17, pp. 3009-3012.
6. Yamada Y., Yamauchi D., Yokoo M., Ohinata K., Usui H., Yoshikawa M. A potent hypotensive peptide, novokinin, induces relaxation by AT2- and IP-receptor-dependent mechanism in the mesenteric artery from SHRs. Biosci. Biotechnol Biochem., 2008, vol. 72, no. 1, pp. 257-259.
7. Агаева Г.А., Агаева У.Т., Годжаев Н.М., Особенности пространственной организации молекул гемокинина-1 человека и гемокинина-1 мыши/крысы. Биофизика, 2015, т. 60, вып. 3, с. 457-470. @@[Agaeva G.A., Agaeva U.T., Godzhaev N.M., Features of spatial organization of human hemokinin-1 and mouse/rat hemokinin-1 molecules. Biofizika, 2015, vol. 60, iss. 3, pp. 457-470. (In Russ.)]
8. Максумов И.С., Исмаилова Л.И., Годжаев Н.М. Программа полуэмпирического расчета конформаций молекулярных комплексов на ЭВМ. Журнал структурной химии, 1983, т. 24, № 4, с. 147-148. @@[Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godzhaev N.M. Program for semi-empirical calculation of conformations of molecular complexes on a computer. Journal of Structural Chemistry, 1983, vol. 24, no. 4, pp. 147-148. (In Russ.)]
9. IUPAC-IUB Commision on Biochemical Nomenclature Abbreviations and symbols for description of conformation of polypeptide chains. Pure Appl. Chem., 1974, vol. 40, pp. 291-308.
10. Chem 3D Pro, “Molecular Modeling and Analysis”. Cambridge Soft Corporation, 2005, vol. 875, p. 02139.
11. Schimmel P.R., Flory P.J., Conformational energies and conformational statistics of copolypepides containing L-proline. J. Mol. Biol., 1968, vol. 34, pp. 105-111.
