В данной работе была изучена представленность мобильных генетических элементов (МГЭ) в геноме морского брюхоногого моллюска Littorina saxatilis . Нами были исследованы нуклеотидные последовательности протяженностью около 360 тыс. пар нуклеотидов. В результате анализа в геноме L. saxatilis были обнаружены повторы, имеющие сходство как с ретротранспозонами, так и с ДНК-транспозонами. Количество выявленных ретротранспозонов превышало количество ДНК-транспозонов в два с половиной раза (77 и 30, соответственно), что согласуется с тем, что репликативный способ перемещения способствует накоплению МГЭ в геноме. Среди ретротранспозонов наиболее представлены элементы семейств Copia , Gypsy , CR1 и DIRS . У ДНК-транспозонов самыми многочисленными оказались семейства Mariner , hAT и Sola . Далее планируется изучить структуры обнаруженных повторов и определить какие из них являются потенциально функциональными МГЭ.
ДНК, мобильные генетические элементы, стрессовая индукция, инсерционный мутагенез
1. Юрченко Н.Н., Коваленко Л.В., Захаров И.К. Мобильные генетические элементы: нестабильность генов и геномов. Вавиловский журнал генетики и селекции, 2011, № 15 (2), с. 261-270. [Yurchenko N.N., Kovalenko L.V., Zakharov I.K. Transposable elements: instability of genes and genomes. Vavilovskyi zhurnal genetiki i selektsii, 2011, vol. 15 (2), pp. 261-270. (In Russ.)]
2. Chow K.C., Tung W.L. Magnetic field exposure stimulates transposition through the induction of DnaK/J synthesis. Biochem Biophys Res Commun., 2000, vol. 270 (3), pp. 745-748.
3. Бубенщикова Е.В., Антоненко О.В., Васильева Л.В., Ратнер В.А. Индукция транспозиций МГЭ 412 раздельно тепловым и холодовым шоком в сперматогенезе у самцов дрозофилы. Генетика, 2002, № 38 (1), с. 46-55. [Bubenshchikova E.V., Antonenko O.V., Vasil'eva L.A., Ratner V.A. Induction of MGE 412 transposition individually by heat and cold shock in spermatogenesis in Drosophila males. Genetika, 2002, vol. 38 (1), pp. 46-55. (In Russ.)]
4. Del Re B., Garoia F., Mesirca P., Agostini C., Bersani F., Giorgi G. Extremely low frequency magnetic fields affect transposition activity in Escherichia coli. Radiat Environ Biophys., 2003, vol. 42 (2), pp. 113-118.
5. Захаренко Л.П., Коваленко Л.В., Перепелкина М.П., Захаров И.К. Влияние γ-радиации на индукцию транспозиций hobo-элемента у Drosophila melanogaster. Генетика, 2006, № 42 (6), с. 763-767. [Zakharenko L.P., Kovalenko L.V., Perepelkina M.P., Zakharov I.K. The effect of gamma-radiation on induction of the hobo element transposition in Drosophila melanogaster. Genetika, 2006, vol. 42 (6), pp. 763-767. (In Russ.)]
6. Piacentini L., Fanti L., Specchia V., Bozzetti M.P., Berloco M., Palumbo G., Pimpinelli S. Transposons, environmental changes, and heritable induced phenotypic variability. Chromosoma, 2014, vol. 123, pp. 345-354.
7. Rebollo R., Horard B., Hubert B., Vieira C. Jumping genes and epigenetics: towards new species. Gene, 2010, vol. 454, pp. 1-7.
8. McClintock B. Controlling elements and the gene. Cold Spring Harbor Sympos. Quant. Biol., 1956, vol. 21, p. 197.
9. Mobile DNA II. Edited by Craig N., Craigie R., Gellert M., Lambowitz A. Washington DC: American Society of Microbiology Press, 2002.
10. de Koning A.P., Gu W., Castoe T.A., Batzer M.A., Pollock D.D. Repetitive elements may comprise over two- thirds of the human genome. PLoS Genet., 2011, vol. 7 (12), p. e1002384.
11. Сергеева Е.М., Салина Е.А. Мобильные элементы и эволюция генома растений. Вавиловский журнал генетики и селекции, 2011, № 15 (2), с. 382-398. [Sergeeva E.M., Salina E.A. Transposable elements and plant genome evolution. Vavilovskyi zhurnal genetiki i selektsii, 2011, vol. 15 (2), pp. 382-398. (In Russ.)]
12. Guo B., Zou M., Gan X., He S. Genome size evolution in pufferfish: an insight from BAC clone-based Diodon holocanthus genome sequencing. BMC Genomics, 2010, vol. 11, p. 396.
13. Kapitonov V.V., Jurka J. A universal classification of eukaryotic transposable elements implemented in Repbase. Nat Rev Genet., 2008, vol. 9 (5), pp. 411-412.
14. Pearce S.R., Pich U., Harrison G., Flavell A.J., Heslop-Harrison J.S., Schubert I., Kumar A. The Ty1-copia group retrotransposons of Allium cepa are distributed throughout the chromosomes but are enriched in the terminal heterochromatin. Chromosome Res., 1996, vol. 4 (5), pp. 357-364.
15. Kumar A., Bennetzen J.L. Plant retrotransposons. Annu Rev Genet., 1999, vol. 33, pp. 479-532.
16. Georgiev G.P. Mobile genetic elements in animal cells and their biological significance. Eur J Biochem., 1984, vol. 145 (2), pp. 203-220.
17. Сормачева Н.Д., Блинов А.Г. LTR ретротранспозоны растений. Вавиловский журнал генетики и селекции, 2011, № 15 (2), с. 351-381. [Sormacheva I.D., Blinov A.G. LTR retrotransposons in plants. Vavilovskyi zhurnal genetiki i selektsii, 2011, vol. 15 (2), pp. 351-381. (In Russ.)]
18. Cordaux R., Udit S., Batzer M.A., Feschotte C. Birth of a chimeric primate gene by capture of the transposase gene from a mobile element. Proc Natl Acad Sci USA, 2006, vol. 103 (21), pp. 8101-8106.
19. Jurka J. Conserved eukaryotic transposable elements and the evolution of gene regulation. Cell Mol Life Sci., 2008, vol. 65, pp. 201-204.
20. Lim J.K., Simmons M.J. Gross chromosome rearrangements mediated by transposable elements in Drosophila melanogaster. Bioessays, 1994, vol. 16 (4), pp. 269-275.
21. Rebollo R., Romanish M.T., Mager D.L. Transposable elements: an abundant and natural source of regulatory sequences for host genes. Annu Rev Genet., 2012, vol. 46, pp. 21-42.
22. Kohany O., Gentles A.J., Hankus L., Jurka J. Annotation, submission and screening of repetitive elements in Repbase: RepbaseSubmitter and Censor. BMC Bioinformatics, 2006, vol. 25 (7), p. 474
23. Jurka J. Repeats in genomic DNA: mining and meaning. Curr. Opin. Struct. Biol., 1998, vol. 8, pp. 333-337.
24. Llorens C., Muñoz-Pomer A., Bernad L., Botella H., Moya A. Network dynamics of eukaryotic LTR retroelements beyond phylogenetic trees. Biol Direct., 2009, vol. 4, p. 41.
