Суперсемейство ДНК-транспозонов IS630/Tc1/mariner является одним из самых широкопредставленных, как у наземных, так и водных организмов. В геноме Mnemiopsis leidyi нами обнаружены семь новых элементов, принадлежащих к данной групе мобильных генетических элементов. Филогенетический анализ и анализ каталитических доменов транспозаз обнаруженых элементов показал, что они представляют три семейства ( rosa , mariner , pogo ) из восьми, входящих в суперсемейство IS630/Tc1/mariner .
Mnemiopsis leidyi, мобильные элементы, транспозоны ДНК, IS630/Tc1/mariner, транспозаза
1. Нефедова Л.Н., Ким А.И. Молекулярная филогения и систематика ретротранспозонов и ретровирусов. Мол. Биол., 2009, т. 43, с. 807-817. [Nefedova L.N., Kim A.I. Molecular phylogeny and systematics of drosophila retrotransposons and retroviruses. Moleculyarnaya biologia, 2009, vol. 43, pp. 807-817 (In Russ.)]
2. Biemont C. A brief history of the status of transposable elements: from junk DNA to major players in evolution. Genetics, 2010, vol. 186, pp. 1085-1093, doihttps://doi.org/10.1534/genetics.110.124180.
3. Захаренко Л.П., Коваленко Л.В., Перепелкина М.П., Захаров И.К. Влияние γ-радиации на индукцию транспозиций hobo-элемента у Drosophila melanogaster. Генетика, 2006, т. 42, № 6, с. 763-767. [Zakharenko L.P., Kovalenko L.V., Zakharov I.K., Perepelkina M.P. The effect of γ-radiation on induction of the hobo element transposition in Drosophila melanogaster. Genetica, 2006, vol. 42, iss. 6, pp. 763-767 (In Russ.)]
4. Юрченко Н.Н., Коваленко Л.В., Захаров И.К. Мобильные генетические элементы: нестабильность генов и геномов. Вавиловский журн. генетики и селекции, 2011, т. 15, вып. 2, с. 261-270. [Yurchenko N.N., Kovalenko L.V., Zakharov I.K. Transposable elements: instability of genes and genomes. Vavilovskii zhurnal genetiki i selektsii, 2011, vol. 15, iss. 2, pp. 261-270 (In Russ.)]
5. Piacentini L., Fanti L., Specchia V. et al. Transposons, environmental changes, and heritable induced phenotypic variability. Chromosoma, 2014, vol. 123, pp. 345-354.
6. Kapitonov V.V., Jurka J. A universal classification of eukaryotic transposable elements implemented in Repbase. Nat. Rev. Genet, 2008, vol. 9, iss. 5, pp. 411-412, doi:https://doi.org/10.1038/nrg2165-c1.
7. Jacobson J.W., Medhora M.M., Hartl D.L. Molecular structure of a somatically unstable transposable element in Drosophila. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1986, vol. 83, pp. 8684-8688.
8. Feschotte C., Pritham E.J. DNA transposons and the evolution of eukaryotic genomes. Annu. Rev. Genet., 2007, vol. 41, pp. 331-368.
9. Пузаков М.В., Пузакова Л.В., Захаров И.К. Разнообразие и распространение мобильных генетических элементов в геномах морских беспозвоночных. Вавиловский журн. генетики и селекции, 2017, т. 21, вып. 2, с. 269-283, doihttps://doi.org/10.18699/VJ16.16-o. [Puzakov M.V., Puzakova L.V., Zakharov I.K. Diversity and distribution of mobile genetic elements in marine invertebrates genomes. Vavilovskii zhurnal genetiki i selektsii, 2017, vol. 21, iss. 2, pp. 269-283, doihttps://doi.org/10.18699/VJ16.16-o (In Russ.)]
10. Kohany O., Gentles A.J., Hankus L., Jurka J. Annotation, submission and screening of repetitive elements in Repbase: RepbaseSubmitter and Censor. BMC Bioinformatics, 2006, vol. 25, iss. 7, p. 474.
11. Jurka J. Repeats in genomic DNA: mining and meaning. Curr. Opin. Struct. Biol., 1998, vol. 8, pp. 333-337.
12. Capy P., Vitalis R., Langin T. et al. Relationships between transposable elements based upon the integrase-transposase domains: is there a common ancestor? J. Mol. Evol., 1996, vol. 42, pp. 359-368.
13. Smit A.F.A., Riggs A.D. Tiggers and other DNA transposon fossils in the human genome. Proc. Natl Acad. Sci. USA, 1996, vol. 93, pp. 1443-1448.
14. Shao H., Tu Z. Expanding the diversity of the IS630-Tc1-mariner superfamily: discovery of a unique DD37E transposon and reclassification of the DD37D and DD39D transposons. Genetics, 2001, vol. 159, iss. 3, pp. 1103-1115.
15. Zhang H.H., Shen Y.H., Xiong X.M. et al. Identification and evolutionary history of the DD41D transposons in insects. Genes Genom., 2016, vol. 38, pp. 109-117, doi:https://doi.org/10.1007/s13258-015-0356-4.
16. Edgar R.C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res., 2004, vol. 32, pp. 1792-1797.
17. Saitou N., Nei M. The Neighbor-Joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution, 1987, vol. 4, pp. 406-425.
18. Tamura K., Stecher G., Peterson D. et al. MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 2013, vol. 30, pp. 2725-2729.
