В настоящей работе мы исследовали влияние диссипации на динамику локальных конформационных возмущений - кинков - в гене IFNA17. Для моделирования внутренней подвижности молекулы ДНК было использовано уравнение синус-Гордон с дополнительным слагаемым, имитирующим эффекты диссипации. Для решения этого уравнения был применен метод МакЛафлина-Скотта. Коэффициенты модельного уравнения усреднялись по всей последовательности гена. В этом приближении были получены временные зависимости скорости, координаты и полной энергии кинка для трех различных значений начальной скорости кинка: 500 м/с, 800 м/с и 1500 м/с, которые не превышают скорости звука в ДНК.
ген IFNA17, кинк, метод МакЛафлина-Скотта, модифицированное уравнение синус-Гордона
1. Lawn R.M., Adelman J., Dul, T.J., Gross M., Goeddel D., Ullrich A. DNA sequence of two closely linked human leukocyte interferon genes. Science, 1981, vol. 212, pp. 1159-1162.
2. GenBank: Homo sapiens interferon alpha 17 (IFNA17), mRNA. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_021268.2 (accessed December 23, 2016)
3. Якушевич Л.В., Краснобаева Л.А. Траектория движения кинка в гене, кодирующем интерферон alpha 17 (IFNA 17). Актуальные вопросы биологической физики и химии, 2016, т. 1, c. 136-140. Trajectory of kink movement in the interferon alpha 17 coding gene (IFNA 17). Aktualnye problemy biologicheskoy fiziki i himii, 2016, vol. 1, pp. 136-140 (In Russ.)]
4. McLaughlin D.W., Scott A.C. Perturbation analysis of fuxon dynamics. Phys. Rev. A, 1978, vol. 18, 1652 p.
5. Якушевич Л.В., Краснобаева Л.А. Влияние диссипации и внешнего поля на динамику локальных конформационных возмущений в ДНК. Биофизика, 2007, т. 52, № 2, c. 237-243. [Yakushevich L.V., Krasnobaeva L.A. Influence dissipation and external field on thhe dynamics local deformations in DNA. Biophysics, 2007, vol. 52, no. 2, pp. 179-184. (In Russ.)]
6. Yakushevich L.V., Grinevich A.A., Ryasik A.A. Simulation of a kink movement in homogeneous and heterogeneous DNA sequences taking into account the dissipation. RJNAMIM, 2014, vol. 29, pp. 197-204.
