С помощью метода теоретического конформационного анализа было исследовано пространственное строение и конформационные возможности двух гексапептидных молекул глипролинов: Pro-Gly-Pro-Gly-Pro-Gly и Pro-Gly-Pro-Gly-Pro-Arg. Эти молекулы участвуют в жизненно важных процессах организма и используются в качестве лекарственных препаратов. Расчет пространственной структуры пептидных молекул выполнялся в рамках механической модели молекул с учетом невалентных, электростатических, торсионных взаимодействий и энергии водородных связей. Найдены низкоэнергетические конформации гексапептидных молекул, значения двугранных углов основной и боковых цепей, оценена энергия внутри- и межостаточных взаимодействий. Расчет показал, что низкоэнергетическими для гексапептидных молекул являются свернутые формы основной цепи. Свернутая форма сближает участки основной цепи и боковые цепи аминокислот, входящих в эти молекулы, и приводит к их эффективным взаимодействиям.
гексапептид, конформация, молекула, пространственная структура
1. Мартынова К.В., Андреева Л.А., Климова П.А. и др. Структурно-функциональные исследования глицин и пролин содержащих пертидов, являющихся нейропротекторами. Биоорг.химия, 2009, т. 35. № 2, с. 165-171. [Martynova K.V., Andreyeva L.A., Klimova P.A. et al. Structure-functional studies glysine and prolin containing peptides, which are neuroprotectors. Bioorg.chem., 2009, vol. 35, no. 2, pp. 165-171 (In Russ.)]
2. Ляпина Л.А., Григорьева М.Е., Андреева Л.А. и др. Защитные противоэффекты пролинсодержащих пептидов при стрессогенных воздействиях на организм животных. Известия РАН, серия биологическая, 2010, № 4, с. 462-467. [Lyapina L., Grigorieva M.E., Andreyeva L.A. et al. Protective counter-effects of proline-containing peptides under stressogenic effects on the animal organism. Izvestiya RAN, biological ser., 2010, no. 4, pp. 462-467 (In Russ.)]
3. Бакаева З.В., Самонина Г.Е., Умарова Б.А., Копылова Г.Н., Гончарова Е.Л., Багликова К.Е. Исследование противовоспалительных свойств глипролинов на экспериментальной модели острого перитонита у крыс. Цитокины и воспаление, 2008, т. 7, № 2, с. 28-32.
4. Popov E.M. An Approach to calculations of the problem of structure- functional organization of natural peptides. Mol. Biol., 1985, vol. 19, pp. 1107-1138.
5. Maksumov I.S., Ismailova L.I., Godjaev N.M. A computer program for calculation of conformations of molecular systems, J. Struc. Chem., 1983, vol. 24, pp. 147-148.
6. IUPAC-IUB Quantity, Units and Symbols in Physical Chemistry. Blackwell Scientific Publications, Oxford, 1988, vol.39.
