Проведен сравнительный анализ значений химических сдвигов необменивающихся протонов дезоксиолигонуклеотидов, рассчитанных по двум прогностическим моделям. Методы прогнозирования основаны на использовании эталонных значений химических сдвигов и поправочных коэффициентах, учитывающих влияние «ближайших соседей» в нуклеотидной цепи. Анализ проводился для дезоксигептануклеотида 5’-d(GCGААGC), образующего шпилечную структуру в растворе. Теоретические модели показали достаточно высокую точность для значений химических сдвигов протонов оснований, находящихся в стебле шпильки и соответствующих канонической двухспиральной форме.
ЯМР, химический сдвиг, нуклеотид, триплет, шпилька
1. Altona C., Faber D.H., Westra Hoekzema A.J.A. Double-helical DNA 1H chemical shifts: an accurate and balanced predictive empirical scheme. Magn. Reson. Chem., 2000, vol. 38, pp. 95-107.
2. Lam S.L. DSHIFT: a web server for predicting DNA chemical shifts. Nucleic Acids Res., 2007, no. 35, pp. 713-717.
3. Lam S.L., Cui X., Ho C.N. Random coil proton chemical shifts of deoxyribonucleic acids. J. Biomol. NMR, 2002, no. 24 (4), pp. 329-337.
4. Веселков А.Н., Пахомов В.И., Итон Р., Дэвис Д. ЯМР-исследование самоассоциации молекул дезоксигептануклеотида 5’-d(GCGААGC) в водном растворе. Биофизика, 2000, т. 45, с. 20-26. [Veselkov A.N., Pahomov V.I., Iton R., Daviеs D. NMR study of the self-association of the deoxyheptanucleotide 5'-d (GCGAAGC) molecules in an aqueous solution. Biophysics, 2000, vol. 45, pp. 20-26. (In Russ.)]
5. Эсбенсен К. Анализ многомерных данных. Черноголовка: ИПХФ РАН, 2005, 160 с. [Esensen K.H., Multivariate Data Analysis. Chernogolovka: IPCP RAS, 2005, 160 p. (In Russ.)]
